Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,780,151 | T→A | 16.7% | intergenic (+68/+38) | PP_1587 → / ← dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,780,151 | 0 | T | A | 16.7% | 109.7 / 13.6 | 45 | intergenic (+68/+38) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/15); new base A (2/5); total (24/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
CACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATC > NC_002947/1780003‑1780296 | cACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTg > 2:1623711/1‑150 (MQ=255) aCCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAATCTTGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCAGGCGCGCGCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGt < 1:1226965/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTAc < 2:1157353/150‑1 (MQ=255) 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< 2:1889626/108‑1 (MQ=255) aCCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGt > 1:1889626/1‑108 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:2445087/93‑1 (MQ=255) ggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTgg > 1:2445087/1‑93 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTa < 2:1604400/75‑1 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTa > 1:1604400/1‑75 (MQ=255) gcacgcCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTGATTTCAAGC‑GCAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAcc > 1:605541/4‑150 (MQ=17) gcacgcCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTG‑ATTTCAAGCGCAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAcc > 1:1180751/4‑150 (MQ=17) 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cacaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCa > 1:2233527/1‑150 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc < 1:2442393/92‑1 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc > 1:667267/1‑92 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc > 2:2442393/1‑92 (MQ=255) acaGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGgcgc < 2:667267/92‑1 (MQ=255) gTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGCATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGCCCAGCGGTGCCACCAGTGCCATCCGCACgcgc > 2:690434/1‑150 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGcc > 2:2119293/1‑150 (MQ=255) tACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGcc > 2:1127650/1‑150 (MQ=255) gctgcgctTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCAc < 1:2119293/150‑1 (MQ=255) tgcgctTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCAccc > 2:1370378/1‑150 (MQ=255) gcgctTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCg > 2:822215/1‑150 (MQ=255) ctTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGt > 1:1511279/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCa < 2:605541/150‑1 (MQ=255) aGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCg > 1:96113/1‑95 (MQ=255) aGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCg < 2:96113/95‑1 (MQ=255) aGCGCTGTACCTGAGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCTCAGTCAACGCACAACCCACGAGGCGCGGAGGGGCGGCCCCGCGTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCAATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTGCACCCCAt > 1:1488781/1‑150 (MQ=255) gcgcTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATc > 2:1962258/1‑150 (MQ=255) gcgcAGTACCTGTAGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATc < 1:1469364/150‑1 (MQ=255) | CACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAA‑TCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGCAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATC > NC_002947/1780003‑1780296 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |