| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,811,679 | T→A | 7.2% | N261Y (AAT→TAT) | PP_1615 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,811,679 | 0 | T | A | 7.2% | 421.2 / 18.7 | 139 | N261Y (AAT→TAT) | PP_1615 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/65); new base A (5/5); total (69/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAGTTACCCT > NC_002947/1811530‑1811825 | ccGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAt‑t > 1:2135692/1‑150 (MQ=255)ccGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTACTTTGGGCAATCAACCAGCCGCCGTAGCTTCTGCGTTTTGTGCCTCTGCGGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAt‑t > 1:535133/1‑150 (MQ=255) cgAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑Tcgg < 1:28177/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑Tcggcg < 1:783609/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑Tcggcg < 2:322217/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGAAT‑ACGGCGGtat < 2:2094016/150‑3 (MQ=255) cAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑Tcggcg > 2:557708/1‑143 (MQ=255) aGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCACCA‑ACCGCCGAAT‑ACGGCGGtatgggc < 2:2202298/150‑7 (MQ=255) 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acaTCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCagcagc < 1:595090/150‑1 (MQ=255) ccGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGacac > 1:684557/1‑150 (MQ=255) cGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACACCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCCAGCCACGGTTTTGATGCGGATACAGCGC‑CCATCCACCCGTATGTACTCGGTT‑GTGCGCCGCCAGCAGCGACAcc > 1:1224521/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATATAGCGC‑CCATACCGCCGAAT‑ACGGCGGtatgg < 1:1768755/129‑5 (MQ=255) gTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATATAGCGC‑CCATACCGCCGAAT‑ACGGCGGtatgg > 2:1768755/1‑125 (MQ=255) aGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑Tcggcg > 2:1492514/1‑120 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tgcGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTg > 1:127625/1‑107 (MQ=255) aTACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCaa < 1:1789597/99‑1 (MQ=255) aTACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCaa > 2:1789597/1‑99 (MQ=255) aCAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGt < 1:1772284/150‑1 (MQ=255) cAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGtt < 2:279079/150‑1 (MQ=255) aGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTg > 2:904619/1‑150 (MQ=255) cgc‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCa > 1:2282993/1‑150 (MQ=255) gc‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCCCGTGGTAATCAGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAg > 1:541868/1‑150 (MQ=255) gc‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAg > 2:2403073/1‑150 (MQ=255) gc‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAg < 2:168338/150‑1 (MQ=255) gc‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAAAGACACCGGCGCACCACAGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAg > 2:868100/1‑150 (MQ=255) c‑ccATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAgc < 1:1441001/150‑1 (MQ=255) ccATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAgcg > 1:1019800/1‑150 (MQ=255) tACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGACTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCa < 2:2135692/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGAAT‑ACGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAg > 1:263958/1‑150 (MQ=255) ccgTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAGTTAc < 1:1799360/150‑1 (MQ=255) 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CCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAT‑TCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAGTTACCCT > NC_002947/1811530‑1811825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |