| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,906,739 | A→T | 6.3% | intergenic (+37/+91) | nirD → / ← PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,906,739 | 0 | A | T | 6.3% | 238.2 / 5.7 | 79 | intergenic (+37/+91) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/47); new base T (2/3); total (29/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
CAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGCCACCA > NC_002947/1906591‑1906888 | cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGGCGGGGGACCGGGCGGGGGCTTGA‑ACCCCCTTGCCTCCTGTGGCCGGCTTCTCCGCGGCCa > 2:36105/1‑150 (MQ=255)cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 2:1429629/1‑150 (MQ=255)cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 1:1836054/1‑150 (MQ=255)cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 2:27614/1‑150 (MQ=255) aaGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAg > 2:1552813/1‑150 (MQ=255) agcagcACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGc < 2:196948/150‑1 (MQ=255) gtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCaa < 2:1623616‑M1/17‑1 (MQ=255) gtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCaa > 1:1623616‑M1/133‑149 (MQ=255) 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tgcCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCt > 1:2131389/1‑75 (MQ=255) GGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATcca < 2:2167082‑M1/150‑1 (MQ=255) GCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGCAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCCCCCGGCAACCACAGccac < 2:615546‑M1/150‑1 (MQ=255) gtaggaGCGGGCTTGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTTCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt < 1:651639‑M1/121‑1 (MQ=255) gtaggaGCGGGCTTGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTTCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt > 2:651639‑M1/7‑127 (MQ=255) CTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAGCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATccacca < 1:655014‑M1/150‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAg < 1:1502154‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTg > 1:2167082‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTg < 1:2256362‑M1/149‑1 (MQ=255) GCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTg > 2:2256362‑M1/1‑149 (MQ=255) GGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGcc < 2:932167‑M1/150‑1 (MQ=255) AAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGccacca < 1:1280023‑M1/150‑1 (MQ=255) | CAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGA‑GGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGT‑GCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGCCACCA > NC_002947/1906591‑1906888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |