| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,906,740 | A→T | 6.1% | intergenic (+38/+90) | nirD → / ← PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,906,740 | 0 | A | T | 6.1% | 250.4 / 5.2 | 81 | intergenic (+38/+90) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/48); new base T (2/3); total (30/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
CAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGCCACCA > NC_002947/1906591‑1906888 | cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 2:1429629/1‑150 (MQ=255)cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 1:1836054/1‑150 (MQ=255)cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCaa > 2:27614/1‑150 (MQ=255) 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GCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGCAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCCCCCGGCAACCACAGccac < 2:615546‑M1/150‑1 (MQ=255) gtaggaGCGGGCTTGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTTCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt > 2:651639‑M1/7‑127 (MQ=255) gtaggaGCGGGCTTGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTTCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt < 1:651639‑M1/121‑1 (MQ=255) CTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAAGCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATccacca < 1:655014‑M1/150‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAg < 1:1502154‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTg > 1:2167082‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTg < 1:2256362‑M1/149‑1 (MQ=255) GCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTg > 2:2256362‑M1/1‑149 (MQ=255) GGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGcc < 2:932167‑M1/150‑1 (MQ=255) AAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGccacca < 1:1280023‑M1/150‑1 (MQ=255) AGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATccac > 1:1470265‑M1/1‑135 (MQ=255) AGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATccac < 2:1470265‑M1/135‑1 (MQ=255) | CAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCCACCAGGCTGGCCACCA > NC_002947/1906591‑1906888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |