Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,141,427 | T→A | 10.4% | L374M (TTG→ATG) ‡ | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,141,427 | 0 | T | A | 10.4% | 341.8 / 26.3 | 115 | L374M (TTG→ATG) ‡ | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/49); new base A (5/7); total (59/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGC > NC_002947/2141279‑2141574 | ccTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTg > 2:563026/1‑150 (MQ=255) gggTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCg > 2:1388609/1‑150 (MQ=255) tCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGa < 1:2290672/150‑1 (MQ=255) tCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCAAGCCGGTgg < 1:2406291/150‑2 (MQ=255) tGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGc < 1:881758/150‑1 (MQ=255) tGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCAAGCCGGTgg > 1:1297660/1‑147 (MQ=255) tGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCAAGCCGGTgg < 2:1297660/148‑2 (MQ=255) ggCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCACCTGCCGCGTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCAAGCCGGTggcca < 2:1840698/150‑5 (MQ=255) 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gTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGGGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGc < 1:2375692/150‑1 (MQ=255) cGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGa < 2:1647906/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAg < 1:1529255/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAg < 2:413258/150‑1 (MQ=255) cTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCTGGTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGc < 1:1878667/150‑1 (MQ=255) cTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGc < 1:477394/150‑1 (MQ=255) cTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGc < 2:228203/150‑1 (MQ=255) cTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGc < 2:402060/150‑1 (MQ=255) cTTGCCACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAggg > 2:1994619/1‑149 (MQ=255) ttGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCg > 1:2152790/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑ATTGCCGTTAGCATAGCTTGGCACGCGGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGctc > 1:1742991/1‑150 (MQ=255) cGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGctct < 2:637111/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTctg > 2:1438856/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGTGGA‑AATAGCGATACGGTGGCTGGTCACGCTGATGTTGACGCTGGCGGGAGTTGGCGAGGCGTTGCTctggctg > 1:1224426/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGc > 2:725321/1‑102 (MQ=255) ttGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGc < 1:725321/102‑1 (MQ=255) tGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAg > 1:1473149/1‑150 (MQ=255) gC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGt < 2:2152790/150‑1 (MQ=255) tcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTg > 2:1460127/2‑150 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGgtg < 1:1704482/119‑1 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGgtg > 2:1704482/1‑119 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGACTCAGTGAGCCGCTGGCCAACCCTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCGGGCTGGGGGGTgg > 1:548000/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCt > 1:697464/1‑98 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCt < 2:697464/98‑1 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGtt < 1:1137364/131‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCctgc < 1:563026/150‑1 (MQ=255) | GCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGT‑CTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGC > NC_002947/2141279‑2141574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |