| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,215,919 | A→G | 7.5% | intergenic (+690/‑254) | PP_1957 → / → PP_5493 | Pdr/VanB family oxidoreductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,215,919 | 0 | A | G | 7.5% | 144.9 / 2.7 | 53 | intergenic (+690/‑254) | PP_1957/PP_5493 | Pdr/VanB family oxidoreductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/23); new base G (2/2); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
TATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGCCTTAGGCGGTCTCTCACACGGCA > NC_002947/2215771‑2216067 | tgattttCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGACGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGaaaa > 1:684409/4‑150 (MQ=255)tatTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGATCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTCCCTTCCTTGCGAAGAAGGGGTATATTTGTATACAAACGACAACGCGCGCGCAaaaa > 2:300308/1‑150 (MQ=255) atTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCTCGCGaaaaa > 1:958322/1‑150 (MQ=255) 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2:1535907/1‑101 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGaaaaaa < 1:1535907/101‑1 (MQ=255) aGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCTAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAGATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAg < 1:769267/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCCTGGGTGTAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGctc < 2:2359086/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGctct < 1:320276/150‑1 (MQ=255) gTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCATCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAg > 2:1410898/1‑150 (MQ=255) 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1:2451482/1‑150 (MQ=255) tactacTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTcccc > 2:2024065/1‑150 (MQ=255) tactGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTc > 1:1711342/1‑150 (MQ=255) tGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCAcc > 1:1159890/1‑150 (MQ=255) aCCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAGAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGcccc < 1:2429459/150‑1 (MQ=255) cttccttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCtctctctc > 1:1618342/1‑116 (MQ=255) cttccttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCtctctctc < 2:1618342/116‑1 (MQ=255) ttccttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAg < 1:1555360/120‑1 (MQ=255) ttccttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAg > 2:1555360/1‑120 (MQ=255) tccttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTg > 1:52821/1‑150 (MQ=255) cttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTc < 2:794358/150‑1 (MQ=255) ttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGGCCGATTCTGCGCTCCTCCAGCCCTCTCCCCTCAGGGCCATTTTGCTCCCCGCCACCGCCCCCTTGTcc > 2:1254872/1‑150 (MQ=255) ttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTcc > 2:829003/1‑150 (MQ=255) ttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTcc > 2:546866/1‑150 (MQ=255) tGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCGTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTccc < 2:958322/150‑1 (MQ=255) gCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCg > 1:1821934/1‑150 (MQ=255) aaGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCa < 2:1743011/150‑1 (MQ=255) tGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCAt < 1:2139183/150‑1 (MQ=255) ataCAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCg < 1:546866/150‑1 (MQ=255) taCAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGc < 2:1159890/150‑1 (MQ=255) taCAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGc < 2:684409/150‑1 (MQ=255) aaaaGAAAACGCGCGCGCGAAGAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTggg > 2:1497119/1‑138 (MQ=255) 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aaaGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGCCTTa > 1:1269059/1‑150 (MQ=255) gcgcgcgAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGCCTTAGGCGGtctctc < 2:1269059/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgAAAAAATTCCGAATTCTCCTTCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGCCTTAGGCGGtctctc > 2:2041310/1‑150 (MQ=255) aaaaaTTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGCCTTAGGCGGTCTCTCACACGGCa < 2:168334/150‑1 (MQ=255) | TATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGACACCCAGCTGGGATCATTCGCCTTAGGCGGTCTCTCACACGGCA > NC_002947/2215771‑2216067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |