| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,351,632 | A→C | 11.8% | L36R (CTG→CGG) ‡ | PP_2066 ← | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,632 | 0 | A | C | 11.8% | 272.7 / 30.0 | 110 | L36R (CTG→CGG) ‡ | PP_2066 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/51); new base C (8/5); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCGCCGCGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCC > NC_002947/2351485‑2351777 | ccgccgCGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAgg > 1:1621768/1‑150 (MQ=255) gccgcGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCt > 1:2080096/1‑150 (MQ=255) gcgGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCCTGCTGccga < 1:900650/150‑3 (MQ=255) ggCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCg < 1:1801226/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCa > 2:2451365/1‑144 (MQ=255) tgctgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCa < 1:2451365/144‑1 (MQ=255) tgGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGc < 1:2109791/150‑1 (MQ=255) ccACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCTATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGc < 2:1785959/150‑1 (MQ=255) ccACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGc > 2:1789738/1‑150 (MQ=255) cACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCt > 2:1370907/1‑150 (MQ=255) ccccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 2:1474037/149‑1 (MQ=255) aCCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTg < 1:1768567/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCt > 2:55544/1‑126 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCt < 1:55544/126‑1 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGc > 1:2321317/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGc < 1:2285176/150‑1 (MQ=255) ccACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCtt < 1:1677306/150‑1 (MQ=255) ccACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAAATGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCtt > 1:1004885/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGc > 2:1278248/1‑150 (MQ=255) 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aGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTg > 1:695318/1‑150 (MQ=255) aGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTg < 1:2214366/150‑1 (MQ=255) cccTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGa < 2:536755/150‑1 (MQ=255) cTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCATGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTGGGCAGCCTGCTGCCGACCga > 1:2011006/1‑99 (MQ=255) ttGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTa > 2:423437/1‑150 (MQ=255) tgagCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGcgcg > 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cTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTg > 1:2001528/1‑106 (MQ=255) cTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCa < 1:54217/125‑1 (MQ=255) cTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCa > 2:54217/1‑125 (MQ=255) cGACCTCGGTCGGCACCAGGCTGCCCACCGGGGAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCACCACGTCCTTGGCCACGGTGCAGTAGCGCGGTGGGTTCATACCTCTCCTCGTGCGCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGaa < 2:10842/150‑1 (MQ=255) gAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAAt < 1:895176/150‑1 (MQ=255) gAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAAt > 2:280644/1‑150 (MQ=255) tacccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGAGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTc > 1:1006981/5‑111 (MQ=37) tacccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGAGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTc < 2:1006981/107‑1 (MQ=37) aaCTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATg < 1:295703/150‑1 (MQ=255) aCTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGc < 2:465218/150‑1 (MQ=255) ccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGTCCGAATGCCg > 1:366470/2‑150 (MQ=255) ccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCg > 1:546682/2‑150 (MQ=255) ccggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCg > 1:495435/2‑150 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAAtt < 1:769103/114‑1 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAAtt > 2:769103/1‑114 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAgt > 2:1941951/1‑129 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAgt < 1:1941951/129‑1 (MQ=255) cggtgggCAGCCTGCTGCCGACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGa > 2:1657299/1‑150 (MQ=255) cggtcggCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGa > 1:1034913/1‑150 (MQ=255) ggtcggCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGaa < 1:75644/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTc > 2:1414042/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTc > 2:2176083/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCACGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGaa > 1:999259/1‑145 (MQ=255) cagcagGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTcc < 1:121215/150‑1 (MQ=255) | CCGCCGCGCGGGCTGCTGGCCTCCACCCGGGTGCCCACGCGCTTGCGCCGCGACACCAGCCCTTGAGTGAGCAACTGGTCGATAGCGGCACGCACCGTGTGCCGGCTCACATTGTAAAGGTCGCACAGCTCGAACTCGGTCGGCAGCAGGCTGCCCACCGGGTAGCGGCCGCTGGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCC > NC_002947/2351485‑2351777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |