Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,483,440 | G→A | 5.5% | R88H (CGC→CAC) | puuA‑I → | glutamate‑putrescine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,483,440 | 0 | G | A | 5.5% | 278.8 / 4.1 | 91 | R88H (CGC→CAC) | puuA‑I | glutamate‑putrescine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/45); new base A (2/3); total (43/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
GCGCTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTG > NC_002947/2483294‑2483586 | gcgcTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCt < 1:342014/150‑1 (MQ=255) cgcTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTg > 2:847578/1‑150 (MQ=255) aCCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGc > 1:1608454/1‑150 (MQ=255) cccATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCg < 1:847578/150‑1 (MQ=255) cccATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGGGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCg > 2:639175/1‑150 (MQ=255) ccATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCgg < 1:2052932/150‑1 (MQ=255) tGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGTTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCACCAGGCGCCgggca < 2:592917/150‑3 (MQ=255) gACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACg < 2:1679299/150‑1 (MQ=255) cATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCt < 2:46256/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCACCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGaa < 2:452643/150‑1 (MQ=255) gAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCg > 1:1164955/1‑150 (MQ=255) cGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTg < 2:2059752/150‑1 (MQ=255) gCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTgg < 1:726445/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTggg < 1:824811/150‑1 (MQ=255) aGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGa < 2:225620/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGAAAGCTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAg < 1:1309118/150‑1 (MQ=255) gcgcCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGaa < 2:1608454/150‑1 (MQ=255) cgcCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAg < 2:346048/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGccc < 1:396275/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCTCCCa < 2:1054358/150‑1 (MQ=255) tGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGa > 1:1258781/1‑150 (MQ=255) tGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGa < 1:1562826/150‑1 (MQ=255) ccGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGTGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATg < 1:2276555/150‑1 (MQ=255) cAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTgcgc > 2:2023455/1‑120 (MQ=255) cAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTgcgc < 1:2023455/120‑1 (MQ=255) cAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTg < 2:640000/150‑1 (MQ=255) gctgctGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGa > 2:1887158/1‑150 (MQ=255) ctgctgGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCCTCCCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGAc < 1:145068/150‑1 (MQ=255) tgctgGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGGGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCAGGTACGCTGGAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACg < 2:990401/150‑1 (MQ=255) ctgGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGcc < 1:2334132/126‑1 (MQ=255) ctgGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGcc > 2:2334132/1‑126 (MQ=255) gTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTg > 2:1422705/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGaa < 1:1442923/87‑1 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGaa > 2:1442923/1‑87 (MQ=255) ccAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCaaa > 1:1414689/1‑150 (MQ=255) 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ccTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGaaaa > 2:587514/1‑96 (MQ=255) ccTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGc < 2:235747/143‑1 (MQ=255) ccTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGc > 1:235747/1‑143 (MQ=255) tttACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCTCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGagg > 1:1719684/1‑148 (MQ=255) tttACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCAGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAAt > 2:1213359/1‑150 (MQ=255) cccGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATc < 2:1508360/115‑1 (MQ=255) cccGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATc > 1:1508360/1‑115 (MQ=255) ccGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAg > 1:2049398/1‑150 (MQ=255) gATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGcc > 2:931919/1‑150 (MQ=255) ggTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGt < 2:754457/150‑1 (MQ=255) gTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGaa < 2:255208/64‑1 (MQ=255) gTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGaa > 1:255208/1‑64 (MQ=255) 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tgcCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTAATTGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCaa < 1:1025086/150‑1 (MQ=255) tacccGGCACCAGGCGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGc < 1:2318850/108‑1 (MQ=255) tacccGGCACCAGGCGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGc > 2:2318850/3‑110 (MQ=255) cccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGt < 2:1889668/140‑1 (MQ=255) cccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGt > 1:1889668/1‑140 (MQ=255) cccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGc < 2:1122012/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTCGCGCGCCTTCTTCCGCGTCTGGCCAAGCg > 2:1757568/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATGCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCa < 1:2408412/135‑1 (MQ=255) ccGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATGCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCa > 2:2408412/1‑135 (MQ=255) cGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGCTCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGt < 2:1258781/150‑1 (MQ=255) ggtgcCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTg < 1:499977/147‑1 (MQ=255) | GCGCTACCCCATGGACATGCTGGAAAAAGTCGCAGCCGGTGCGCCTCTGAAGCTGCCGCAGAACTGCGTGCTGCTGGGTACCCAGGGCGGCCTTTACCCGATTGGTGACTATTGCTTCGCCGACGGCGACCCGGATGCTGCCCGGCGCCTGGTGCCGGGTACGCTGAAGCCGGTGCGCTGGGAAAAGGAAGTGATCGCCCAGATGCTGATCACGTCCGACGGCACTGCAAAGCCGATCGAATTCGAGCCTCGTGAAGTGCTGGCGCGTGTTCTTCAGCGTCTGGCCAAGCGTG > NC_002947/2483294‑2483586 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |