| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,799,214 | A→G | 11.1% | intergenic (‑185/+31) | PP_2452 ← / ← ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,799,214 | 0 | A | G | 11.1% | 209.9 / 13.7 | 81 | intergenic (‑185/+31) | PP_2452/ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/36); new base G (4/5); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
TATTTCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGT > NC_002947/2799065‑2799360 | tATTTCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGACCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGCGGCCCTCag‑a < 2:471721/150‑1 (MQ=255) tttCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGCGAAATCATGCGGCCGCTGGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGc < 1:1742391/150‑1 (MQ=255) tttCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGc > 2:559880/1‑150 (MQ=255) taagtaaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCAc > 2:94307/1‑150 (MQ=255) taaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGc > 1:86448/1‑150 (MQ=255) aTTCGAAACATGTTGTCTGGAGAAATCCAGCGCTGCCCTGTAAACCAGGAGGCCGGGCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTTACCTCTGTGTCTACGCGGGTGAGGATTTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCt < 1:1081187/150‑1 (MQ=255) ttCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTg > 2:1612832/1‑150 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAGATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAgg < 2:1548216/150‑1 (MQ=255) 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gagaAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTa > 2:480411/1‑150 (MQ=255) cAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTGTGTAACCTCGGTGACTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCGG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTACCaga > 2:863382/1‑150 (MQ=255) cGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCagaaga < 2:1192342/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCagaaga < 2:114809/150‑1 (MQ=255) gCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGACTTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGc > 2:977776/1‑150 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGTACCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCt > 1:1841640/1‑150 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGa > 2:1240271/1‑116 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGa < 1:1240271/116‑1 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCt > 2:1921346/1‑150 (MQ=255) tGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGccc < 2:1095345/111‑1 (MQ=255) tGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGccc > 1:1095345/1‑111 (MQ=255) tAAACCATGAGGCCGGCCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCAGCTGCAg > 2:1224962/1‑150 (MQ=255) aCCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGTAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGctc > 2:885302/1‑150 (MQ=255) aCCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGctc > 2:2194719/1‑150 (MQ=255) ccATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTAAGAGGTTGAGGAATTGGCACACG‑GGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGctct > 1:1483656/1‑150 (MQ=255) tCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTgg < 2:889025/150‑1 (MQ=255) 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aaCCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGACAGGATc < 1:1041702/150‑1 (MQ=255) aCCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTa > 2:655933/1‑135 (MQ=255) aCCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTa < 1:655933/135‑1 (MQ=255) ctctGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCcgc > 2:2067083/1‑150 (MQ=255) gtCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCa < 2:2166681/80‑1 (MQ=255) gtCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCa > 1:2166681/1‑80 (MQ=255) 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ccTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGt > 1:1687131/1‑150 (MQ=255) ccTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGa > 2:1175878/1‑137 (MQ=255) ccTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGa < 1:1175878/137‑1 (MQ=255) ccTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCCTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGt > 1:798638/1‑150 (MQ=255) cTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCCTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTc > 1:1494032/1‑150 (MQ=255) cTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGTAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTCCTGTCCTGTGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTc < 1:885302/150‑1 (MQ=255) cTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCACGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACACAGTc > 2:216/1‑150 (MQ=255) cAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGt > 1:371940/1‑150 (MQ=255) | TATTTCACTGTAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGT > NC_002947/2799065‑2799360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |