| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,799,223 | 0 | A | G | 11.8% | 214.7 / 15.1 | 83 | intergenic (‑194/+22) | PP_2452/ansB | hypothetical protein/glutaminase‑asparaginase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/36); new base G (4/6); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
TAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTC > NC_002947/2799075‑2799367 | taagtaaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCAc > 2:94307/1‑150 (MQ=255) taaATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGc > 1:86448/1‑150 (MQ=255) aTTCGAAACATGTTGTCTGGAGAAATCCAGCGCTGCCCTGTAAACCAGGAGGCCGGGCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTTACCTCTGTGTCTACGCGGGTGAGGATTTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCt < 1:1081187/150‑1 (MQ=255) ttCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTg > 2:1612832/1‑150 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAGATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAgg < 2:1548216/150‑1 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAgg < 1:455824/150‑1 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAgg < 2:1547968/150‑1 (MQ=255) gCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAgg < 2:884465/150‑1 (MQ=255) cAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAggg < 1:2159952/150‑1 (MQ=255) cAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCCTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAggg < 2:990174/150‑1 (MQ=255) gTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACt < 1:559880/150‑1 (MQ=255) cAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCa < 1:1508232/150‑1 (MQ=255) aGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAg < 2:2453694/150‑1 (MQ=255) ggAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATTAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGt > 1:654336/1‑150 (MQ=255) gagaAATCCAGCGTTGGGCTGAACTCCACGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGCGGCCCTGAGAAGCCGGTG‑GTCGTGCCTGAGGGGGAAGCGCTCAGTa < 2:1206840/150‑1 (MQ=255) gagaAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTa > 2:480411/1‑150 (MQ=255) cAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTGTGTAACCTCGGTGACTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCGG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTACCaga > 2:863382/1‑150 (MQ=255) cGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCagaaga < 2:1192342/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCagaaga < 2:114809/150‑1 (MQ=255) gCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGACTTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGc > 2:977776/1‑150 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGTACCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCt > 1:1841640/1‑150 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGa > 2:1240271/1‑116 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGa < 1:1240271/116‑1 (MQ=255) ccTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCt > 2:1921346/1‑150 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tCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCttttt > 2:1816119/1‑150 (MQ=255) tACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAggggg > 2:90866/1‑59 (MQ=255) tACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAggggg < 1:90866/59‑1 (MQ=255) aCGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTc < 2:1618970/116‑1 (MQ=255) aCGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTc > 1:1618970/1‑116 (MQ=255) cgcgGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCgg < 1:1816119/150‑1 (MQ=255) cgcgGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCgg < 1:2194719/150‑1 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ccTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGt > 1:1687131/1‑150 (MQ=255) ccTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGa > 2:1175878/1‑137 (MQ=255) ccTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGa < 1:1175878/137‑1 (MQ=255) ccTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCCTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGt > 1:798638/1‑150 (MQ=255) cTCAG‑GGCCGGTGCGCCGGCTCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCCTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTc > 1:1494032/1‑150 (MQ=255) 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ggCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTc < 2:378679/150‑1 (MQ=255) ggCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTc > 1:2261333/1‑150 (MQ=255) | TAAGTAAATTCGCAACAGCTTGTCAGGAGAAATCCAGCGTTGGCCTGTAAACCATGAGGCCGGTCAGAAAGGTAAACGATGTCGCCGGTTTGTAACCTCTGTGTCTACGCGGTTGAGGAATTGGCA‑ACGAGGCCCTCAG‑AGCCGGCGCACCGGCCCTGAGGGGGAAGCACTCAGTACTCCCAGAAGATCCGCTGCAGCTCTTTGCTGTCCTGGGTCTTGGTCATCGCTACCATCGCCAGGATCCGCGCTTTTTGCGGGTTCAGGTCGTGAGCCACGACCCAGTCGTTCTTGTC > NC_002947/2799075‑2799367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |