Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,195,811 | A→T | 5.8% | L100Q (CTG→CAG) | dhaT ← | 1,3‑propanediol dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,195,811 | 0 | A | T | 5.8% | 262.7 / 5.9 | 86 | L100Q (CTG→CAG) | dhaT | 1,3‑propanediol dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/38); new base T (2/3); total (45/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 |
GCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGCCTTGATGTCCGCCACTTCCTCGTAGGCGATACCGGCCTTGTCGAGGCTGGCGTAGACGCTGTCCAGCAGGCCTGCTGCCTT > NC_002947/3195663‑3195959 | gccggccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑cggcag < 1:7035/150‑1 (MQ=255) ccggccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGNTGGCCTNGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCNgg < 1:2064457/150‑1 (MQ=255) ccggccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAgg > 2:579528/1‑150 (MQ=255) ccggccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAgg > 2:2291390/1‑150 (MQ=255) cggccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGc > 2:2203109/1‑150 (MQ=255) ccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGt < 1:764155/150‑1 (MQ=255) ccgTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGAACAACACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGt < 1:145809/150‑1 (MQ=255) gTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACACTGCGGAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CTGCTGGCCGtgg < 2:566167/150‑3 (MQ=255) gATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGt < 2:2204135/150‑1 (MQ=255) gATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGt > 2:1778369/1‑150 (MQ=255) gacgaTGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCg > 1:922927/1‑150 (MQ=255) ggCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAgcgc > 2:1667923/1‑150 (MQ=255) gCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCt > 2:2174874/1‑150 (MQ=255) gATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGc > 2:2279545/1‑150 (MQ=255) ggCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGCTAGCGCTGGGCGgt < 2:1851992/150‑1 (MQ=255) ggCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGgt > 2:349854/1‑150 (MQ=255) aTGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTTTGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGtgtg > 2:2301362/1‑150 (MQ=255) tGGGTAAGAGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCGGCAGGCTACTGGCCGTGGCCGCATCTAATGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTgg < 1:168755/150‑1 (MQ=255) 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2:422631/1‑100 (MQ=255) ttCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATa < 1:422631/100‑1 (MQ=255) ttCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGAt < 2:934356/135‑1 (MQ=255) ttCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGAt > 1:934356/1‑135 (MQ=255) tCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGt > 1:2308662/1‑124 (MQ=255) tCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGt < 2:2308662/124‑1 (MQ=255) tCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGATGGCCTTGGCCGCATCCATCGCGCTGCCGCCACCCACGGC‑CAGCAGGCCGTCGATACCCGTGCCCCGATAGCGCTGGGCGGTGTGGTTGATGTCGTCACTGCGCGGGTTGGcc > 2:905289/1‑150 (MQ=255) 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NC_002947/3195663‑3195959 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |