| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,238,188 | T→G | 5.7% | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 → | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 3,238,188 | 0 | T | G | 5.7% | 247.0 / 3.7 | 88 | L195R (CTG→CGG) | PP_2836 | 2‑keto‑3‑deoxyxylonate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/39); new base G (2/3); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
CCGCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCGAA > NC_002947/3238039‑3238336 | ccGCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGCCTCCCAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCt < 1:2277195/150‑1 (MQ=255)ccGCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCt < 2:2072097/150‑1 (MQ=255)ccGCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCt > 1:2447351/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTcc < 1:1586372/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGCGGGTCTCGGCCCAGACGCCGAAGTGTTCACCCACGCCCACCCCCCGTcc > 2:145211/1‑150 (MQ=255) cgcCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGt < 1:2237733/150‑1 (MQ=255) gcCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGtt > 1:1258395/1‑150 (MQ=255) ccGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTg < 1:2173118/150‑1 (MQ=255) ccGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCGGACAGCGGTTg < 1:2016695/150‑1 (MQ=255) ccTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCa < 2:18502/150‑1 (MQ=255) cTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGCCCATATACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCGAc > 1:757048/1‑150 (MQ=255) gTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTTGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACgg > 2:1739525/1‑150 (MQ=255) gCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGgcgc > 2:2198032/1‑150 (MQ=255) cggctcggctCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCAt < 2:2447351/150‑1 (MQ=255) cggctcggctCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCAt > 1:236085/1‑150 (MQ=255) cggctcggctCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCAt < 2:2069958/150‑1 (MQ=255) cggctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcc < 1:1360802/150‑1 (MQ=255) cggctcAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCAcc < 2:38941/150‑1 (MQ=255) 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aCCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGt > 1:183646/1‑135 (MQ=255) aCCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGt < 2:183646/135‑1 (MQ=255) cGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAacga > 1:1603117/1‑130 (MQ=255) cGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAacga < 2:1603117/130‑1 (MQ=255) cTGGCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCGaa < 2:757048/150‑1 (MQ=255) | CCGCATCGGCGCCGACCTGTCGCAGATCGTGCCCGGCTCGGCTCAGGCCGAAGCGCTGCGCAAGGTGCTGGTAGAGCAGGGCCTGTGGTCGCAGTACCTGGAGGTGGGTATCGGCCCGGATGCCGAAGTGTTCACCAAGGCCCAACCGCTGTCCGCGGTTGGCCACGGCGCCGACATCGGCATCCACCCCAAGTCCAGCTGGAACAACCCAGAGCCGGAAGTGGTGCTGGCCGTGTCGAGCAATGGCAGCATCAAGGGCGCCATGCTCGGCAACGACGTCAACCTGCGCGACTTCGAA > NC_002947/3238039‑3238336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |