| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,250,807 | T→A | 6.9% | L50H (CTC→CAC) | ureJ → | urease accessory protein UreJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,250,807 | 0 | T | A | 6.9% | 331.6 / 10.3 | 112 | L50H (CTC→CAC) | ureJ | urease accessory protein UreJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/50); new base A (4/4); total (58/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AAAAGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGTGC > NC_002947/3250663‑3250956 | aaaaGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTcgccg > 2:1086200/1‑150 (MQ=255) aaaGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTcgccgc > 1:104293/1‑150 (MQ=255) aaaGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTcgccgc < 2:2154877/150‑1 (MQ=255) 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< 1:940508/113‑1 (MQ=255) tCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGt > 2:940508/1‑113 (MQ=255) tCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGa > 1:1890743/1‑150 (MQ=255) gATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGAtt > 1:622386/1‑150 (MQ=255) gATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGAtt < 1:1294076/150‑1 (MQ=255) tCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACAGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGc > 1:98872/1‑99 (MQ=255) tCACCTGCTGATGCTGCTGGGTAACGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGGTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGGTGTGCTGGGCGTGGAAAGCCTGATTGc > 1:562695/1‑150 (MQ=255) 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gATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCgct > 2:1734027/1‑150 (MQ=255) tgctgGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGGGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCactgctcg > 2:502938/1‑148 (MQ=255) gctgGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCtggt < 2:1890743/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGAtgt < 1:1344589/101‑1 (MQ=255) cGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGc < 2:2386743/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGt < 2:104293/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGt < 2:1397967/150‑1 (MQ=255) cTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGtg < 1:1819723/150‑1 (MQ=255) cTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGtg < 1:1818819/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGtgc > 1:227674/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGtgc > 1:2304147/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGtgc > 1:2354156/1‑150 (MQ=255) | AAAAGACTTTCGCCTTGTTTCTGTTGATGCTGGCACTGCCAGCCTTTGCCCATCCGGGCCATGACAGCAACCCGCTGCAGGACGGCCTGCTGCACCCGCTGACCGGGCTCGATCACCTGCTGATGCTGCTGGGTACCGGCGTGCTCGCCGCGTTGACCCGTCGCAACCTGACATTGCCCCTGGCTACCCTGGCGGCCATGTTCGGTGGTGCCGTGTGCGGTCACCTGTTCGGCGATGTGCTGGGCATGGAAACCCTGATTGCCGTGTCGCTGCTGGTGGCTGCCGGGGCGGTGC > NC_002947/3250663‑3250956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |