Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,544,543 | 0 | G | C | 43.0% | 132.0 / 248.5 | 179 | intergenic (+60/+54) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/60); new base C (33/44); total (75/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCA > NC_002947/1544394‑1544691 | cTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCGCCTACACACGgccgcgccg > 2:4105774/1‑150 (MQ=255) gcggggGGGGTGGGGGGGGCGTGGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTGGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCtt < 2:2294388/150‑1 (MQ=39) gggggggggTGGCGGGGGGGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:2912752/146‑1 (MQ=255) 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tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3108175/1‑150 (MQ=37) ccactGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGCGGGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcag < 1:4412298/149‑1 (MQ=255) aaagcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:466357/8‑150 (MQ=38) agcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:948249/6‑150 (MQ=255) agcggcgcggcccTGTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:2636590/6‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:3014894/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:4755964/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:3840969/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 1:4069927/1‑150 (MQ=255) cgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGt > 2:4164034/1‑83 (MQ=255) cgcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGt > 1:2807945/1‑150 (MQ=255) gcgccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTa < 1:1550849/150‑1 (MQ=255) gccgcTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAgg > 1:218851/1‑150 (MQ=255) | CTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAGCGTAGGCA > NC_002947/1544394‑1544691 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |