| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,417,334 | Δ1 bp | 9.8% | coding (576/759 nt) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,417,334 | 0 | T | . | 9.8% | 177.4 / 14.8 | 61 | coding (576/759 nt) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/26); new base . (2/4); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
CTGTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGG > NC_002947/1417191‑1417476 | cTGTTGCTGGCGCGTTACCCGGGCCTGGATGAACTGCGGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTGCCCGGCTTTTCTGAAGCCGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTgcgc‑gc < 2:540983/150‑1 (MQ=255) gTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCt < 2:1008122/150‑1 (MQ=255) tGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTgg < 2:483847/150‑1 (MQ=255) 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cACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCAc < 1:843913/150‑1 (MQ=255) cACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCAc > 1:1099755/1‑150 (MQ=255) aCTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGACACTACCCGGCTTTTCTGAAACAGCGGGTGGCTGGCATGCAAGGGCAATTGAACACCCACCATGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGCACAAACTGCAACACAGGGTCCTGGCCCAcc > 2:62971/1‑150 (MQ=255) tCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTAAGAATCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTcag < 1:561161/150‑1 (MQ=255) gcgACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTcagca < 1:1042972/150‑1 (MQ=255) ggCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGTCAGGGATACCGCTCTATTTATCACGAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGaacaa < 1:130872/150‑1 (MQ=255) gCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGaacaac > 1:105722/1‑150 (MQ=255) aCTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACt < 1:864076/150‑1 (MQ=255) cTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACtt < 1:398390/150‑1 (MQ=255) tACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTg > 2:326396/1‑150 (MQ=255) ccGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGcc > 2:548276/1‑150 (MQ=255) cGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTg < 1:1013086/107‑1 (MQ=255) cGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTg > 2:1013086/1‑107 (MQ=255) cGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGccc > 2:908992/1‑150 (MQ=255) ttttCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCa > 1:131849/1‑150 (MQ=255) tCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTg > 1:1063803/1‑150 (MQ=255) 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1:16220/1‑100 (MQ=255) aTTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACt > 1:393992/1‑150 (MQ=255) aTTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACt > 2:45867/1‑150 (MQ=255) tttGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTg > 2:1037186/1‑150 (MQ=255) caacCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCa > 1:156037/1‑150 (MQ=255) atccaccaGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACTTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAg < 1:64984/148‑1 (MQ=255) tcaccaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGt < 1:586746/149‑1 (MQ=255) accaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGTTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCTCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACGCGGACTAGCTCCAGGTga > 2:586746/1‑149 (MQ=255) accaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTg > 1:631346/1‑59 (MQ=37) accaGGC‑GCGCAGCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTg < 2:631346/59‑1 (MQ=37) | CTGTTGCTGGAGCGTTACCAGGGCCTGGATGCACTGCTGATCGAGGCTAACCACTGTCGCGACCTGCTGGCACGTGGTCACTACCCGGCTTTTCTGAAGCAGCGGGTGGGTGGCATGCAAGGGCATTTGAACAACCACCAGGCTGCGC‑GCCTGGTGCACGAGTTGGGCTGGAACAACCTGCAACACCTGGTGCTGGCCCACCTCAGCAGCAAGAACAACCTGCCACACTTGGCCCGCCAGTGCTTTGTCGACACCCTCGGGTGTGACCCGGACTGGCTCCAGGTGG > NC_002947/1417191‑1417476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |