| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,574,842 | Δ1 bp | 12.5% | coding (503/1041 nt) | motB ← | flagellar motor rotation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,574,842 | 0 | A | . | 12.5% | 135.8 / 15.2 | 48 | coding (503/1041 nt) | motB | flagellar motor rotation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/26); new base . (4/2); total (20/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAG > NC_002947/5574694‑5574981 | ccAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGaa < 2:1055632/150‑1 (MQ=255)ccAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGaa > 1:469836/1‑150 (MQ=255)ccAGTTAACGTATTCGCCAGTGCAGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGaa > 2:457348/1‑150 (MQ=255) gTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGATTATCGTCGAAGTATGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACAt < 1:193776/150‑1 (MQ=255) cGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACAtcggtc > 2:1101347/1‑150 (MQ=255) cGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACAtcggtc < 1:1101347/150‑1 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACAtcggtcc < 2:546716/150‑2 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTtctc > 1:773792/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTTTTTTCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa < 1:932990/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa < 1:930374/150‑1 (MQ=255) tGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAgg < 2:854199/131‑1 (MQ=255) tGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAgg > 1:854199/1‑131 (MQ=255) tGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGAATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGa > 2:502019/1‑150 (MQ=255) gACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCTTGATCTTGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGag < 2:182998/150‑2 (MQ=255) gACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGaa > 2:359637/1‑150 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACa < 2:334802/150‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAg > 2:267570/1‑150 (MQ=255) ttGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATAGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAgg > 1:933881/1‑150 (MQ=255) cGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGTCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCAACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTg < 1:1093558/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCt < 1:457348/150‑1 (MQ=255) ccTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGa > 2:733029/1‑150 (MQ=255) gATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACtt < 2:3994/150‑1 (MQ=255) gtCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAg < 2:773792/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGtt < 2:775342/150‑1 (MQ=255) cagcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATAGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTtctc < 2:933881/150‑1 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTctct > 1:830493/1‑150 (MQ=255) atatCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAcc < 1:359637/150‑1 (MQ=255) atatCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGAGCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAcc < 2:830493/150‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt > 1:924318/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt < 1:679026/150‑1 (MQ=255) tCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTg < 2:346383/68‑1 (MQ=255) tCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTg > 1:346383/1‑68 (MQ=255) cGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCt < 1:64379/150‑1 (MQ=255) gAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCCTCACCCTTGTTCTg < 2:565495/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGaa < 1:190391/84‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGaa > 2:190391/1‑84 (MQ=255) aGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTgcagc < 1:733029/150‑1 (MQ=255) gcTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTc < 1:267570/150‑1 (MQ=255) cgaCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTcc > 1:1025331/3‑150 (MQ=255) cgaCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTcc < 2:1025331/148‑1 (MQ=255) gaCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTgg < 1:900047/82‑1 (MQ=255) gaCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTgg > 2:900047/2‑83 (MQ=255) gaCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCa > 1:659776/2‑150 (MQ=255) aCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 1:338864/1‑150 (MQ=255) aCCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCgg > 1:1043104/1‑105 (MQ=255) aCCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCgg < 2:1043104/105‑1 (MQ=255) | CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAG > NC_002947/5574694‑5574981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |