Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,127,712 | Δ1 bp | 8.7% | coding (229/909 nt) | PP_5375 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,127,712 | 0 | A | . | 8.7% | 137.7 / 7.7 | 46 | coding (229/909 nt) | PP_5375 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/24); new base . (2/2); total (20/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
CAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAATTCCTTG > NC_002947/6127563‑6127857 | cAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCTTATATCGCCGGTGGCGCGAGAAAGGTGAA‑gcatgca < 1:38409/150‑1 (MQ=255) tGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTATTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCg > 2:593680/1‑150 (MQ=255) tctGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCTACGCCATGGCGGGACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACt > 2:1030942/1‑150 (MQ=255) tctGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGc < 2:426051/134‑1 (MQ=255) tctGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGc > 1:426051/1‑134 (MQ=255) acacCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTgg < 1:537277/150‑1 (MQ=255) acCTTGGGCAGTCAACAACA‑AGCCGACCTGGAGGTTCTGGTAGCAACGGTAAAATGCTGGTTGCCTGGATCCTGGCTGATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTgggg < 2:1081368/150‑1 (MQ=255) acCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTATTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTgggg < 1:593680/150‑1 (MQ=255) cTTNGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGt > 2:699368/1‑150 (MQ=255) ggCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAgg < 1:912853/150‑1 (MQ=255) ccACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGAGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCt > 1:125784/1‑150 (MQ=255) caGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACACACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACg > 1:397447/1‑150 (MQ=255) aGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACgg < 2:644621/150‑1 (MQ=255) cGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGAGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGggt < 2:125784/150‑1 (MQ=255) ggCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGt < 2:82730/150‑1 (MQ=255) ggTACTGGTGGCAACGGTGATTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGTGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGaa < 2:564651/150‑1 (MQ=255) tACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATa < 1:403553/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGt < 2:1124676/150‑1 (MQ=255) tggtggCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTg < 2:860802/150‑1 (MQ=255) gtggCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAAGTGAA‑GCCTGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTTAGGGACATGCTACGGGTGGTCCGGGTGAATAGttac > 2:95716/1‑147 (MQ=255) gCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGt < 1:231867/137‑1 (MQ=255) gCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGt > 2:231867/1‑137 (MQ=255) gCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTg > 2:978889/1‑150 (MQ=255) ttggttgCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCa > 1:435600/1‑140 (MQ=255) ttggttgCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCa < 2:435600/140‑1 (MQ=255) ggttgCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCaa < 2:278855/150‑1 (MQ=255) ggttgCCTTCCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCaa < 1:110736/150‑1 (MQ=255) tgccttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCaagaa < 1:409673/150‑1 (MQ=255) ccttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAgg < 2:107764/150‑1 (MQ=255) cttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAATGCATGC‑TTCAcct < 1:950920/56‑3 (MQ=37) cttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAATGCATGC‑TTCAcct < 1:951424/56‑3 (MQ=37) cttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAATGCATGC‑TTCAcct > 2:951424/1‑54 (MQ=37) cttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAATGCATGC‑TTCAcct > 2:950920/1‑54 (MQ=37) ttgccACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCg > 2:1057546/1‑150 (MQ=255) aCTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTAACGCACCGTTGCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGACAAGGACATGCTACGGGTGGTACGGGGGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTGCTCAAGAAGTCGAACCt > 1:1059586/1‑150 (MQ=255) gCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTg > 2:821584/1‑118 (MQ=255) gCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTg < 1:821584/118‑1 (MQ=255) cGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACgg < 1:1066622/150‑1 (MQ=255) tataTCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTa > 2:575041/1‑88 (MQ=255) tataTCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTa < 1:575041/88‑1 (MQ=255) tatacGCCAGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATg > 2:303881/5‑84 (MQ=255) tatacGCCAGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATg < 1:303881/80‑1 (MQ=255) tCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAAtt < 1:687900/150‑1 (MQ=255) gcgGGACAGGTGAA‑GCATGCAGTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGt > 2:620176/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACAt > 1:293685/1‑150 (MQ=255) aGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTc > 2:662844/1‑150 (MQ=255) tGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAAt < 1:978889/150‑1 (MQ=255) catgcatTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAATTCCtt < 1:91733/150‑1 (MQ=255) atgcatTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGCCGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAATTCCTTg > 1:904399/1‑150 (MQ=255) atgcatTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAATTCCTTg < 2:830158/150‑1 (MQ=255) | CAGGTCGATGTTTTCATGGGCACTCTGGAATTCCGACACCTTGGGCAGT‑AACCACAGCGACGCCATGGCGGTACTGGTGGCAACGGTGACTTGTTGGTTGCCTTGCCACTGGCGTATATCGCCGGTGGCGCGGGCCAGGTGAA‑GCATGCATTCACGCACCGTTTCGTAATACTGCGCGCCGGTGGGGGTCAGGGACATGCTACGGGTGGTACGGGTGAATAGTGCCTTGCCCAGGTAGTCCTCAAGAAGGCGAACCTGACGGCTAATTGCACCCTGGGTAACATTCAATTCCTTG > NC_002947/6127563‑6127857 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |