| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,265,303:1 | +C | 8.7% | coding (320/1311 nt) | folC → | bifunctional folypolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,265,303 | 1 | . | C | 8.7% | 171.4 / 10.4 | 46 | coding (320/1311 nt) | folC | bifunctional folypolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (19/23); new base C (2/2); total (21/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
TGCGCCTTCGTGGCGTCGTTGCTGCGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGTCAACGTAGTGGATGCCGA > NC_002947/2265155‑2265450 | tGCGCCTTCGTGGCGTCGTTGCTGCGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGAGGGTGGTGATCGATGGCCGAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑g > 1:121590/1‑150 (MQ=255) gTGGCGTCGTTGCTGCGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCgg > 1:1107119/1‑150 (MQ=255) gTGGCGTCGTTGCTGCGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTGCGCCGCC‑TCGACGgcggcgaag < 2:1049551/150‑4 (MQ=255) gtcgtTGCTGCGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGa > 2:388660/1‑150 (MQ=255) ctgcGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTcc > 2:962288/1‑150 (MQ=255) tgcGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTccc < 1:773098/150‑1 (MQ=255) gTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGTCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTcc < 1:1078009/146‑1 (MQ=255) gTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTcc > 2:1078009/1‑146 (MQ=255) aGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACt > 2:503541/1‑150 (MQ=255) aGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACt < 2:827379/150‑1 (MQ=255) ggggCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACtt < 2:898184/150‑1 (MQ=255) gCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCga < 2:36288/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATggg < 2:323107/150‑1 (MQ=255) gCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCC‑TCGACGgcggcgaag > 1:384275/1‑110 (MQ=255) gCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCC‑TCGACGgcggcgaag < 2:384275/113‑4 (MQ=255) gtgtACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTg > 1:858493/1‑150 (MQ=255) gtgtACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTg < 2:20697/150‑1 (MQ=255) aCAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCcg > 2:276524/1‑150 (MQ=255) gTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGt < 1:276524/150‑1 (MQ=255) cgcACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGgt < 2:858493/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGgttgt < 1:962288/150‑1 (MQ=255) cTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTAc < 2:899284/150‑1 (MQ=255) ttACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTc > 1:558343/1‑150 (MQ=255) aCAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGc < 2:558411/150‑1 (MQ=255) aaCGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAg < 1:388660/150‑1 (MQ=255) aaCGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGACCGCGATGAGCGCCGGTGCGAAGACGTCGCCTCCTTCCA‑GGCTGCGCGGGTCGAGATGTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAg > 2:679913/1‑150 (MQ=255) cGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGAt < 2:848394/150‑1 (MQ=255) gATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTgg > 1:1071734/1‑114 (MQ=255) gATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTgg < 2:1071734/114‑1 (MQ=255) tGGCCAAGAGGCCCGTCAAGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGa > 1:587528/1‑150 (MQ=255) gCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAgg > 1:723696/1‑150 (MQ=255) cAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTg < 2:842789/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTg > 1:32268/1‑106 (MQ=255) aaGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTg < 2:32268/106‑1 (MQ=255) gCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTg > 2:1090758/1‑90 (MQ=255) gCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTg < 1:1090758/90‑1 (MQ=255) cAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTggg > 2:575504/1‑150 (MQ=255) cGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTgg < 1:629659/150‑1 (MQ=255) aTGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGgcc < 2:558343/150‑1 (MQ=255) tGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGgccg > 2:688429/1‑150 (MQ=255) cgcCTGTTCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTg < 1:971601/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGt > 2:861838/1‑150 (MQ=255) gAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGTc > 2:223202/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGACACCGTCAAc > 1:859979/1‑150 (MQ=255) ccgcgccgcC‑TCGACGGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGTCAACGt > 1:319242/4‑150 (MQ=255) tCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGTCAACGTAg < 2:856528/150‑1 (MQ=255) cGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGTCAACGTAGTGGATGCCGa < 1:503541/150‑1 (MQ=255) | TGCGCCTTCGTGGCGTCGTTGCTGCGTGCCCAGGGGCTCAAGGTCGGCGTGTACAGTTCGCCGCACCTGCTACGTTACAACGAGCGGGTGGTGATCGATGGCCAAGAGGCCAGCGATGAGCGCCTGTGCGAAGCCTTCGCCGCCGTCGA‑GGCGGCGCGGGGCGATATTTCCCTGACCTACTTCGAGATGGGGACGTTGGCCGCGTTCTGGTTGTTCTACCAGTCGCAGCTCGATGCGGTGGTGCTGGAGGTGGGCCTGGGTGGCCGCCTGGATACCGTCAACGTAGTGGATGCCGA > NC_002947/2265155‑2265450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |