New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1578527 | 22 (0.510) | 3 (0.070) | 3/244 | NT | 12.0% | coding (2912/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
? | NC_002947 | = 1578551 | 23 (0.550) | coding (2888/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
GTACCCAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACACGTC > NC_002947/1578381‑1578675 | gTACCCAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGgc > 2:43268/1‑150 (MQ=255) cccAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGTACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCa > 2:595522/1‑150 (MQ=255) cccAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAATACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCa < 2:586524/150‑1 (MQ=255) ccAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGgc > 1:1017086/1‑146 (MQ=255) ccAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGgc < 2:1017086/146‑1 (MQ=255) ccAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAg > 2:626952/1‑150 (MQ=255) cAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGa < 1:43268/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACGGTCTCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGCCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCgg < 2:617210/150‑1 (MQ=255) cTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGaggcgtgccgcatgcgtctgcgcccgatcatc < 1:661038‑M1/150‑33 (MQ=255) gATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGc > 2:266904/1‑150 (MQ=255) aTCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGTTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTCCCACTGTCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGcg > 1:88747/1‑150 (MQ=255) gccgccGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTa > 2:216629/1‑150 (MQ=255) ccgATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAgg > 2:964569/1‑150 (MQ=255) gCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCCTACAGGCTGCGGcc > 2:236124/1‑150 (MQ=255) gTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGt < 1:964569/150‑1 (MQ=255) tACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACAGTACCCCGCACAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGAAGCATGCGGCACGCCTCCATCGCTGCATCGTAGCGGCTGCGGCCTTGtt > 1:446249/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCa > 1:683903/1‑150 (MQ=255) tggctgCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTg < 2:683903/150‑1 (MQ=255) gccggcgccgCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCAc < 1:626952/150‑1 (MQ=255) cggcgccgCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGa < 2:39596/150‑1 (MQ=255) tCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGACAGGATGATCGGGCGCAGACGCAGGCGGCACGCCTCGATCGCTGGGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTcg > 2:489945/1‑150 (MQ=255) aCGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGaggcgtgccgcat < 1:1000471‑M1/58‑14 (MQ=255) aCGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGaggcgtgccgcat > 2:1000471‑M1/1‑45 (MQ=255) gATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATggtggt < 1:266904/150‑1 (MQ=255) gAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGc < 1:955943/91‑1 (MQ=255) gAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGc > 2:955943/1‑91 (MQ=255) aGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGAAGCATGCGGCACGCCTCGAGCGCAGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCa > 2:291185/1‑150 (MQ=255) cATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGCCACCGATCTGTTGCTTGGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGaa < 2:88747/150‑1 (MQ=255) gatgatCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTcgatcatcatgacctcgctggcgttcatcctgggcgtggtaccgttgaccatcgccagcggcgccggcgccggcagccagcacgccatcggtactggcgtgatcggcggcatgatcag < 1:661038‑M2/150‑119 (MQ=255) cGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACAcgtc < 1:216629/150‑1 (MQ=255) | GTACCCAGAAGATAGCCAGCACGGTCGCACTGATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACACGTC > NC_002947/1578381‑1578675 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |