New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4929832 = | 45 (1.040) | 3 (0.080) | 3/232 | NT | 6.5% | coding (385/2244 nt) | cheA | chemotaxis histidine kinase CheA |
? | NC_002947 | 4929912 = | 45 (1.140) | coding (305/2244 nt) | cheA | chemotaxis histidine kinase CheA |
CCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGC > NC_002947/4929685‑4929974 | gggcgccggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGtt > 2:226046‑M1/148‑150 (MQ=255) ccTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTCTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGtt > 1:1090875/1‑150 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCa > 1:211832/1‑150 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATAGAGCAACTGGGCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGGCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCa > 2:911603/1‑150 (MQ=255) ggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAg > 1:972336‑M1/141‑150 (MQ=255) gCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACa > 2:675390/1‑150 (MQ=255) gCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACa > 2:983554/1‑150 (MQ=255) tGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCagcagc < 2:1082930/150‑1 (MQ=255) aCTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCGCACTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCgggg > 1:10630/1‑150 (MQ=255) aCTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCggg < 2:940717/145‑1 (MQ=255) aCTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCggg > 1:940717/1‑145 (MQ=255) cAGTGCTGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGgtg < 1:326445/150‑1 (MQ=255) aGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGTAACGCCGTGGTTGTCGgtgt < 2:831052/150‑1 (MQ=255) tCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCg > 1:8415/1‑150 (MQ=255) gtTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCt > 2:291861/1‑150 (MQ=255) tGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTcg > 1:1015308/1‑150 (MQ=255) ctcctcGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTcgcg > 2:743007/1‑150 (MQ=255) cctcggccGGCGCTGCCGCAACCACGTCGGCAAAGGGTGCCCGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGc < 2:10630/150‑1 (MQ=255) cctcggccGGCGCTGCAGCCACCAAGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGATTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTCTCACTACGGCACGCTCGCGCACCTGGc < 2:477566/150‑1 (MQ=255) ggccggcGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGaa < 2:671223/150‑1 (MQ=255) gccggcGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAAc > 1:423660/1‑150 (MQ=255) ccggcGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACa > 2:906836/1‑150 (MQ=255) ggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACAt > 1:282061‑M1/69‑150 (MQ=255) cAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGa > 1:441342/1‑150 (MQ=255) cAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGa < 1:424230/150‑1 (MQ=255) gCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGAcc < 2:423660/150‑1 (MQ=255) gCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGAcc < 1:906836/150‑1 (MQ=255) caccacGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCCGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGt > 2:747948/1‑150 (MQ=255) cacGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATc < 2:991279/150‑1 (MQ=255) acGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATcc > 1:939906/1‑150 (MQ=255) tgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTgg < 1:978618‑M1/74‑1 (MQ=255) tgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTgg > 2:978618‑M1/52‑125 (MQ=255) cGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCa < 2:311069/150‑1 (MQ=255) gTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCCGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCGGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAg < 1:747948/150‑1 (MQ=255) ggCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCgg > 1:418605/1‑93 (MQ=255) ggCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCgg < 2:418605/93‑1 (MQ=255) aaCCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTc < 1:675390/150‑1 (MQ=255) aCCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCg > 1:1004193/1‑150 (MQ=255) cGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAg < 2:211832/150‑1 (MQ=255) gggCGCTGCAACAGCTTCTGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCAcatccat > 1:317404/1‑150 (MQ=255) gggCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCAcatccat < 1:983554/150‑1 (MQ=255) gcTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGCACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCCCCTCCCTCAGt > 2:86347/1‑150 (MQ=255) cTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGtt > 1:660138/1‑150 (MQ=255) cTGCAACAGCTTCGGCTACTCGAGTTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCCGCCGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGtt < 1:607228/150‑1 (MQ=255) tGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTc < 1:812785/150‑1 (MQ=255) aaCAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGc < 2:8415/150‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTg < 2:25737/121‑1 (MQ=255) aCAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTg > 1:25737/1‑121 (MQ=255) ttCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGAc < 2:1015308/150‑1 (MQ=255) cTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGgc < 1:418808/150‑1 (MQ=255) cTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGgc < 1:129488/150‑1 (MQ=255) cccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGgcgc < 1:200003/148‑1 (MQ=255) cccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGgcgc > 2:200003/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTAt < 2:543421/100‑1 (MQ=255) ccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTAt > 1:543421/1‑100 (MQ=255) | CCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGC > NC_002947/4929685‑4929974 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |