New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5158456 = | 43 (0.990) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 6.3% | coding (504/1833 nt) | PP_4542 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
? | NC_002947 | 5158532 = | 47 (1.120) | coding (580/1833 nt) | PP_4542 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
CGCTGGCAAAACCATACCTATGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCAC > NC_002947/5158307‑5158604 | tagtcggtatgggcgaacagcttcagcgttgcgatgttggtgtagccgtcgacgatacgccccatcagcttggaacgtgcgtccgaagacaccaccgagcgctccttgacccgtggcacgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacg < 2:167573‑M1/1‑1 (MQ=255) gtcggtatgggcgaacagcttcagcgttgcgatgttggtgtagccgtcgacgatacgccccatcagcttggaacgtgcgtccgaagacaccacagagcgctccttgacccgtggcacgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGAt < 2:444940‑M1/3‑1 (MQ=255) gtcggtatgggcgaacagcttcagcgttgcgatgttggtgtagccgtcgacgatacgccccatcagcttggaacgtgcgtccgaagacaccacagagcgctccttgacccgtggcacgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGAt < 2:444595‑M1/3‑1 (MQ=255) atagCAAAACCATACCTCTGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGAt < 1:156014/147‑1 (MQ=255) tcggtatgggcgaacagcttcagcgttgcgatgttggtgtagccgtcgacgatacgccccatcagcttggaacgtgcgtccgaagacaccaccgagcgctccttgacccgtggcacgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGATc < 1:646624‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaaCCATACCTATGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTAcc > 1:914336/1‑149 (MQ=255) aaaCCATACCTATGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTAGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGc < 2:116188/150‑1 (MQ=255) aTACCTATGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCACAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCa > 1:774221/1‑150 (MQ=255) cTATGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTc > 2:417096/1‑150 (MQ=255) tgtgCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCt < 1:417096/150‑1 (MQ=255) gtgCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTg < 2:774221/150‑1 (MQ=255) gCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGtt > 2:200817/1‑150 (MQ=255) agagCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCg > 1:516915/1‑150 (MQ=255) gagCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGc > 1:1117399/1‑150 (MQ=255) ccTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGa < 1:421089/150‑1 (MQ=255) ccTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGa < 1:555637/150‑1 (MQ=255) cTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGTCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAg > 1:726164/1‑150 (MQ=255) ttcttTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGa > 2:322866/1‑143 (MQ=255) ttcttTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGa < 1:322866/143‑1 (MQ=255) ttcttTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGAc > 2:506196/1‑150 (MQ=255) ttcttTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGAc > 1:1082718/1‑150 (MQ=255) tttCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGGCGTGGAGGCGGTGGACGCGCTATGCCCAGTTCTGGCCAATTTCATCGCCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTgg > 1:519785/1‑150 (MQ=255) tttCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTgg > 1:376678/1‑150 (MQ=255) tttCAGAGCAACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTgg > 1:163565/1‑150 (MQ=255) agCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTg < 2:1082718/150‑1 (MQ=255) cgtgcgtccgaagacaccaccgagcgctccttgacccgtggcacgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATc > 1:1027673‑M1/75‑150 (MQ=255) aGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGAt < 2:118436/148‑1 (MQ=255) aGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGAt > 1:118436/1‑148 (MQ=255) atGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTAc > 2:468399/1‑150 (MQ=255) tGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATGGTCAGCTACa > 1:444595/1‑150 (MQ=255) tGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACa > 1:444940/1‑150 (MQ=255) aGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGGCGTGCAGGCGGAGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCCTCACCTCGGTGGTGCTGTTCGCCGAGGTCGACTGGCGCCTGATGCTACCGCTGCTGGCGTGGCTCGTCAGCCACATTg > 2:118371/1‑150 (MQ=255) aCCGGCAATTCGCTGCGAGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCa < 1:697973/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGGGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGtt < 2:18633/150‑1 (MQ=255) tGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACt > 2:378970/1‑150 (MQ=255) cgATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGt < 2:1117399/150‑1 (MQ=255) gccgTGCATGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACgg > 2:373767/1‑150 (MQ=255) gccgTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCCTCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCCTGCCACgg > 2:22279/1‑150 (MQ=255) gccgTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACgg < 2:519785/150‑1 (MQ=255) gccgTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACgg < 1:129713/150‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTc < 2:376678/150‑1 (MQ=255) acgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCa > 2:311011‑M1/33‑112 (MQ=255) acgaagtagaacagcgctgcaatgtagctgacGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCa < 1:311011‑M1/80‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGa < 2:163565/150‑1 (MQ=255) cgcgCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggt < 1:506196/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggtg < 2:914336/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggtg < 1:378970/150‑1 (MQ=255) gcTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCggtggt > 2:928603/1‑150 (MQ=255) tATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGgtgt > 1:359140/1‑150 (MQ=255) gCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTc < 1:1060077/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGa > 2:959141/1‑150 (MQ=255) tGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCAc > 1:288960/1‑150 (MQ=255) | CGCTGGCAAAACCATACCTATGTGCTCAAGCAGAGCCTGAACTTCTTTCAGAGCGACTTCGCCGGGCGTATTGCCCAGCGCATCATGCAGACCGGCAATTCGCTGCGCGATTCCGCCGTGCAGGCGGTGGACGCGCTATGGCATGTGCTGATCTACGCCATCACCTCGCTGGTGCTGTTCGCCGAGGCCGACTGGCGCCTGATGCTGCCGCTGCTGGCGTGGATCGTCAGCTACATTGCAGCGCTGTTCTACTTCGTGCCACGGGTCAAGGAGCGCTCGGTGGTGTCTTCGGACGCAC > NC_002947/5158307‑5158604 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |