New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 743469 | 64 (1.480) | 3 (0.080) +AGGCAGGTCTGATTTCGC |
4/218 | NT | 5.2% | intergenic (+145/+129) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
? | NC_002947 | = 1431465 | NA (NA) | intergenic (+74/+78) | PP_1252/PP_1253 | group II intron‑encoding maturase/ArsR family transcriptional regulator |
CCAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATT > NC_002947/1431317‑1431614 | ccAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGcc < 1:349976/150‑1 (MQ=11) tgtgGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAgcg > 2:357472/1‑150 (MQ=38) tgGGACCGGCTCGGGCCGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCa > 1:395622/1‑150 (MQ=255) gACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAAcc < 1:541599/150‑1 (MQ=255) gctaagacTGGTCTATATACTGGATACGATTAATCTGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAg < 2:907192/143‑1 (MQ=14) ggCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTa > 2:900931/1‑150 (MQ=255) cTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATc < 1:357472/150‑1 (MQ=255) tGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCg > 1:103923/1‑150 (MQ=255) gATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATccc < 1:1031433/150‑1 (MQ=255) aCTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTgg < 1:568713/150‑1 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCgg < 1:531692/150‑1 (MQ=255) aTTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCggg > 1:219323/1‑150 (MQ=255) ccGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCAc > 2:19555/1‑150 (MQ=255) cGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCAcc > 2:1123767/1‑150 (MQ=255) aaCCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTg < 2:219323/150‑1 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGca > 2:480371/1‑150 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCggg < 2:824026/126‑1 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCggg > 1:824026/1‑126 (MQ=255) gAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAg < 2:1008031/150‑1 (MQ=255) cgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCAc < 2:292175/150‑1 (MQ=255) tgtACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCActg < 2:395622/150‑1 (MQ=255) tACGGAACCGGACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCActgct < 1:889689/150‑1 (MQ=255) gTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGCATCAGTTTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGa < 1:900931/150‑1 (MQ=255) gTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGa < 2:766840/150‑1 (MQ=255) tACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGcc > 1:354204/1‑86 (MQ=255) tACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGcc < 2:354204/86‑1 (MQ=255) tACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGAt < 2:492160/150‑1 (MQ=255) tACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGAt < 2:781865/150‑1 (MQ=255) gCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCa > 2:716110/1‑150 (MQ=255) gCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCa < 1:480371/150‑1 (MQ=255) cGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCACGCTCAGCGCAACCCACCGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTc < 2:1112918/150‑1 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCCCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCg > 1:237562/1‑150 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCggg > 1:59960/1‑150 (MQ=255) ggACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGa > 2:197326/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGaaa < 1:1123767/150‑1 (MQ=255) ggTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTc > 1:352426/1‑150 (MQ=255) gtgtGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCg > 1:262016/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCa > 2:408980/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCa > 1:1105891/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCAtct > 1:633996/1‑150 (MQ=255) ctcctACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCg < 1:716110/150‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTc < 2:584578/112‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTc > 1:584578/1‑112 (MQ=255) cTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGCAACCACTCGCCCAGCAACTCGCTAcac > 1:742230/1‑148 (MQ=255) tCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGc > 2:1022337/1‑137 (MQ=255) tCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGc < 1:1022337/137‑1 (MQ=255) ccAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAtt < 1:197326/150‑1 (MQ=255) | CCAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATT > NC_002947/1431317‑1431614 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |