| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 612,761 | T→C | 9.0% | N475S (AAC→AGC) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 612,761 | 0 | T | C | 9.0% | 165.2 / 3.0 | 61 | N475S (AAC→AGC) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/30); new base C (3/3); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCG > NC_002947/612614‑612904 | tCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTg > 2:1078973/1‑150 (MQ=255) aGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAgg > 1:1120244/1‑150 (MQ=255) tACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAACGGCCCGGCCGCTGt > 2:547724/1‑140 (MQ=255) tACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAACGGCCCGGCCGCTGt < 1:547724/140‑1 (MQ=255) ccGAACACCAGAAGGTCCTCTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCCTTGCGGCCGGGTCTCCGCTGATTGGCGCATTCGGGCCGGTAACACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTg < 1:922232/150‑1 (MQ=255) cGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGc > 2:475599/1‑150 (MQ=255) cGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGc > 1:454405/1‑150 (MQ=255) gAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCt < 2:260986/150‑1 (MQ=255) agcagGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCacc < 2:173757/150‑3 (MQ=255) gcagGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTg > 2:304288/1‑125 (MQ=255) gcagGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTg < 1:304288/125‑1 (MQ=255) gcagGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCt > 2:826776/1‑150 (MQ=255) cagGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCtt < 2:282945/150‑1 (MQ=255) cagGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCtt < 2:448047/150‑1 (MQ=255) ggCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTgcg > 1:997366/1‑150 (MQ=255) ccACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCa < 1:873885/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAgtt < 1:1095841/150‑1 (MQ=255) ttttCGCCCTGGGGGCGGACCACGCCTTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAgttcg < 2:112793/150‑1 (MQ=255) tCGNCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAgttcgttc < 1:796538/150‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGGCGATCTCAAGGGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTCGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTtgtc > 1:533095/1‑150 (MQ=255) 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ccACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGtca > 1:1049284/1‑150 (MQ=255) ccatcccGCTCTCCAGTGGCTTCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCa < 2:905717/145‑1 (MQ=255) tcCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCggg > 2:340005/1‑150 (MQ=255) cAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACATGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGAt > 1:728650/1‑150 (MQ=255) gTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCa < 2:234101/148‑1 (MQ=255) gTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCa > 1:234101/1‑148 (MQ=255) gCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTTTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGCAGTACACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCa < 1:29303/150‑1 (MQ=255) ctggTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAg < 1:232881/148‑1 (MQ=255) gTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGTGGTCATCACCAGCATGCCCGGGCTGCAGCGCCggcg > 2:232881/1‑148 (MQ=255) tctcCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTAc < 1:1078973/150‑1 (MQ=255) cGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTAc < 1:778396/146‑1 (MQ=255) cGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTAc > 2:778396/1‑146 (MQ=255) cGCTGATCGGCGCATGCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACa < 1:897371/150‑1 (MQ=255) cTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAgg < 1:124964/150‑1 (MQ=255) cGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTa < 1:198527/150‑1 (MQ=255) ggCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACATCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAg < 1:5852/150‑1 (MQ=255) cATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGc > 1:97268/1‑150 (MQ=255) cGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGc < 1:340005/150‑1 (MQ=255) gTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGTATCGTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGtg > 1:471806/1‑149 (MQ=255) gTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTc > 1:648688/1‑150 (MQ=255) ccACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCggg < 1:1073551/150‑1 (MQ=255) aCGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCg < 1:898722/136‑1 (MQ=255) aCGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCg > 2:898722/1‑136 (MQ=255) aCGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGcc < 2:648688/150‑1 (MQ=255) ggTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAg < 1:993693/125‑1 (MQ=255) ggTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAg > 2:993693/1‑125 (MQ=255) tACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCg > 1:974234/1‑150 (MQ=255) tACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGATGAGGATCTTGCGCAGATTGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCg > 2:318015/1‑150 (MQ=255) aCCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCGGTTAGGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGc < 2:997366/150‑1 (MQ=255) ctgTACAACGGCCCGGCCGCTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTggggg > 2:710228/3‑74 (MQ=37) ctgTACAACGGCCCGGCCGCTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTggggg < 1:710228/72‑1 (MQ=37) aGCGGCCGGGCCGCTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAg < 2:471806/150‑1 (MQ=255) gCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCt < 1:725761/139‑1 (MQ=255) gCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCt > 2:725761/1‑139 (MQ=255) ggccgggccgTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGcc < 1:1111144/150‑1 (MQ=255) gggccgTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGgcg > 1:673775/1‑150 (MQ=255) | TCGGCCAGTTGTACGCCGAACACCAGCAGGGCCACTTTTTCGCCCTGGCGGCGGACCACGCCCTTGCCGATCTCCAGTGGTTGCAGGTCTCCGCTGATCGGCGCATTCGGGCCGGTACCACGCGGGTACCGTACAGCGGCCGGGCCGTTGTACAGGTGGCCGGTGCTGAGCATCTTGCGCAGTTCGTTCTCGTCGCTGGGGGTCATCACCAGCATGCCCGGGATGCAGCGCAGGTACGACAGGTCGTAGCTGCCGGCGTGGGTCGGGCCGTCCTCGCCGACCAGGCCGGCG > NC_002947/612614‑612904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |