| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 659,628 | C→A | 10.8% | S224Y (TCC→TAC) | speA → | biosynthetic arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 659,628 | 0 | C | A | 10.8% | 100.1 / 2.3 | 37 | S224Y (TCC→TAC) | speA | biosynthetic arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/18); new base A (2/2); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
TGTGTTCATCGTCATCGAGAAAGAGTCGGAAGTGGCCCTGGTGATCGAAGAGGCCGCCGAGCTCAAGGTGAAACCACAGGTTGGCCTGCGCGTTCGCCTGTCGTCGTTGGCCTCGAGCAAGTGGGCCGACACCGGTGGCGAGAAGTCCAAGTTCGGTTTGTCCGCCGCCCAGTTGCTTTCGGTGGTGCAGCGCTTCCGCGATGCGGGCCTGGATCAGGGCATCCGCCTGCTGCACTTCCACATGGGTTCGCAGATTGCCAACCTGGCT > NC_002947/659482‑659749 | tgtgTTCATCGTCATCGAGAAAGAGTCGGAAGTGGCCCTGGTGATCGAAGAGGCCGCCGAGCTCAAGGTGAAACCACAGGTTGGCCTGCGCGTTCGCCTGTCGTCGTTGGCCTCGAGCAAGTGGGCCGACACCGGTGGCGAGAAGTCCaa > 2:886962/1‑150 (MQ=255) gtgtTCATCGTCATCGAGAAAGAGTCGGAAGTGGCCCTGGTGATCGAAGAGGCCGCCGAGCTCAAGGTGAAACCACAGGTTGGCCTGCGCGTTCGCCTGTCGTCGTTGGCCTCGAGCAAGTGGGCCGACACCGGTGGCGAGAAGTCCAAg > 1:745985/1‑150 (MQ=255) aaaGAGTCGGAAGTGGCCCTGGTGATCGAAGAGGCCGCCGAGCTCAAGGTGAAACCACAGGTTGGCCTGCGCGTTCGCCTGTCGTCGTTGGCCTCGAGCAAGTGGGCCGACACCGGTGGCGAGAAGTCCAAGTTCGGTTTGTCCgccgcc < 2:745985/150‑1 (MQ=255) gTCGGAAGTGGCCCTGGTGATCGAAGAGGCCGCCGAGCTCAAGGTGAAACCACAGGTTGGCCTGCGCGTTCGCCTGTCGTCGTTGGCCTCGAGCAAGTGGGCCGACACCGGTGGCGAGAAGTCCAAGTTCGGTTTGTCCGCCGCCCAGtt < 1:717127/150‑1 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NC_002947/659482‑659749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |