| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 709,197 | C→G | 12.3% | intergenic (+57/‑62) | murJ → / → ribF | lipid II flippase/bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 709,197 | 0 | C | G | 12.3% | 136.4 / 9.1 | 47 | intergenic (+57/‑62) | murJ/ribF | lipid II flippase/bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/21); new base G (2/4); total (22/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTC > NC_002947/709053‑709340 | gtggccgcggtgaaacccgtcgaagttgccaatggtggcgacacagccccggtgctcggggcgcaggttgtgaagacctcgaaccagctgcataacgcgcttcttgctcataaagtggccgattataaccacacctGGGCGCTGCTGCCt > 2:256672‑M1/137‑150 (MQ=255) tCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGt < 1:801711/150‑1 (MQ=255) gcgTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGGTGACAGGCAGCAgcgc < 1:450810/150‑1 (MQ=255) 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cTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCg < 2:258548/150‑1 (MQ=255) tGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTtata < 1:1023999/145‑1 (MQ=255) tGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTtata > 2:1023999/1‑145 (MQ=255) cTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTAt > 2:686717/1‑150 (MQ=255) cTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTAt < 1:464480/150‑1 (MQ=255) 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gCCCCGGCCTTTCGCGCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTCTTTGAGCGTCTCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCTTGTCAAAAGCGCGGAGGTGGGGGTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGcgcg < 1:810114/150‑1 (MQ=255) cccGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGtt < 1:297641/150‑1 (MQ=255) cccGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGtt > 1:434773/1‑150 (MQ=255) aTTTCGCTCGCGTTGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGGTTTTTGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGGTGCTTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAg < 1:498623/150‑1 (MQ=255) cgctcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTgg < 1:555494/150‑1 (MQ=255) tcgcAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTc > 1:541470/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAg > 1:934861/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTc > 1:150544/1‑150 (MQ=255) ccTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCtt < 2:434773/150‑1 (MQ=255) ttGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTca < 2:540494/150‑1 (MQ=255) ttGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTca < 2:957838/150‑1 (MQ=255) aCTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAAc < 2:909244/150‑1 (MQ=255) gCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTgcgc > 1:239751/1‑150 (MQ=255) ttttGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGccc > 1:1110823/1‑150 (MQ=255) gTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCtgt < 2:92095/150‑1 (MQ=255) ggTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGc > 2:149419/1‑84 (MQ=255) ggTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGc < 1:149419/84‑1 (MQ=255) ggTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTc > 1:373072/1‑150 (MQ=255) ttCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGccac < 1:372655/150‑1 (MQ=255) gattataaccacacccGGGCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGa > 2:145953‑M1/17‑101 (MQ=255) gattataaccacacccGGGCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGa < 1:145953‑M1/85‑1 (MQ=255) accacacccGGGCGCTGGTGACAGGCAGCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGc > 1:87377‑M1/10‑135 (MQ=255) 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1:1084579‑M1/150‑4 (MQ=255) GCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTc < 1:34817‑M1/150‑1 (MQ=255) | GATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTCGCAAGGCCTTGCACTGAGGCTTTTGGCGGGTCAGGCGTCGGTTTTTCGCATTCCACGCCGCCCTTGGGCGCTGCTGCCTGTCACCAGCGCCCGGGTGTGGTTATAATCGGCCACTTTATGAGCAAGAAGCGCGTTATGCAGCTGGTTCGAGGTCTTCACAACCTGCGCCCCGAGCACCGGGGCTGTGTCGCCACCATTGGCAACTTCGACGGGGTTC > NC_002947/709053‑709340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |