| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 865,406 | G→T | 13.5% | A141A (GCC→GCA) | upp ← | uracil phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 865,406 | 0 | G | T | 13.5% | 96.0 / 5.4 | 37 | A141A (GCC→GCA) | upp | uracil phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/17); new base T (3/2); total (18/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
CGTGCTCGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGCCCCCG > NC_002947/865258‑865554 | cGTGCTCGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGAtggtgg < 1:788771/150‑1 (MQ=255) tCGTTCAGGCGCTGATCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTGCAGTTCGGTGTGGCATTTTTGACCACGTCGATGGCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAAcc > 2:182961/1‑150 (MQ=255) cGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCa < 1:241294/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAg < 1:328351/150‑1 (MQ=255) gTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAg > 1:38137/1‑142 (MQ=255) gTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGAGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAg < 2:38137/142‑1 (MQ=255) gtAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTc > 2:520258/1‑150 (MQ=255) aCGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGCTCGATGGTTGCCACCATCGacc > 1:651353/1‑116 (MQ=255) aCGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGCGCGATGGTTGCCACCATCGacc < 2:651353/118‑3 (MQ=255) cGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAg < 1:950611/150‑1 (MQ=255) tttttCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCgg > 2:1106276/1‑123 (MQ=255) tttttCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCgg < 1:1106276/123‑1 (MQ=255) tttttCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGtt < 1:459058/150‑1 (MQ=255) accaccTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTcc > 1:2341/1‑150 (MQ=255) ccaccTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAgg < 1:705621/128‑1 (MQ=255) ccaccTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCAGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAgg > 2:705621/1‑128 (MQ=255) caccTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGCTGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATTTCTgg > 2:411010/1‑150 (MQ=255) cTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCAGCGGTGCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGCTGTCCgcccc > 2:1082057/1‑146 (MQ=255) cTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGACTTTTTGAGCAGGTCTATGGTGGAACCCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCtttt < 1:520258/150‑1 (MQ=255) gTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTTGCCACCATCGac > 2:334536/1‑76 (MQ=39) gTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTTGCCACCATCGac < 1:334536/77‑2 (MQ=39) 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cATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAg < 2:1079123/150‑1 (MQ=255) gAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTttctt > 2:339302/1‑150 (MQ=255) aaTCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTttcttc < 1:1082057/150‑1 (MQ=255) ttGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCACCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCgg < 1:182961/150‑1 (MQ=255) gCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGc > 1:927657/1‑150 (MQ=255) aGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAg > 1:534868/1‑73 (MQ=255) aGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAg < 2:534868/73‑1 (MQ=255) cagGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATg > 1:439321/1‑76 (MQ=255) cagGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATg < 2:439321/76‑1 (MQ=255) gTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCtt > 2:350897/1‑150 (MQ=255) gTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCtt > 2:871322/1‑150 (MQ=255) tagATGGTTGCCACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTg > 2:463299/3‑150 (MQ=255) tggCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCgg > 2:1010951/1‑119 (MQ=255) tggCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCgg < 1:1010951/119‑1 (MQ=255) tggCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGCCCCCg > 1:808639/1‑150 (MQ=255) | CGTGCTCGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGCCCCCG > NC_002947/865258‑865554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |