Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,323,109 | G→T | 10.0% | R251R (CGC→CGA) | PP_1155 ← | YaiC/YhcK/ArdA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,323,109 | 0 | G | T | 10.0% | 111.7 / 3.1 | 40 | R251R (CGC→CGA) | PP_1155 | YaiC/YhcK/ArdA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base T (2/2); total (20/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 |
CGGTAACTGTGGGTTGCGGTAGCTGGAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGCCTGGAACTTGAGCTGCAG > NC_002947/1322965‑1323258 | cGGTAACTGTGGGTTGCGGTAGCTGGAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGcgccg < 2:335435/150‑1 (MQ=255) gCGGTAGCTGGAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAg < 2:721329/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGgcg > 2:146591/1‑150 (MQ=255) ggAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAg > 1:441013/1‑150 (MQ=255) gAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAgg > 1:84502/1‑149 (MQ=255) gAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGt > 2:65953/1‑150 (MQ=255) cTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTCGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCTTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTc < 1:115843/150‑1 (MQ=255) tAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGa < 2:263489/149‑1 (MQ=255) tAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGa > 1:263489/1‑149 (MQ=255) aCGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACcac > 2:432456/1‑150 (MQ=255) cTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATg < 1:357564/150‑1 (MQ=255) cATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGcc > 2:288164/1‑150 (MQ=255) cTTGGCAGGCCTGGGCTTGGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTAAACGCCCTCGCGCAACCTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAgg > 2:263628/1‑150 (MQ=255) ttGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGgt < 1:589857/150‑1 (MQ=255) gCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTc > 1:62884/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGaa > 2:827707/1‑150 (MQ=255) cTGGTTTCGGGCAGGCTCCAGCATAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAg < 1:57074/150‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCt > 1:709780/1‑145 (MQ=255) cTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCt < 2:709780/145‑1 (MQ=255) tGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTgcgc > 1:111432/1‑74 (MQ=255) tGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTgcgc < 2:111432/74‑1 (MQ=255) tGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGt < 2:766536/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGt < 1:432456/150‑1 (MQ=255) gCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGt < 2:944614/150‑1 (MQ=255) tCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCa > 2:722387/1‑150 (MQ=255) cGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGt < 1:40945/117‑1 (MQ=255) cGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGt > 2:40945/1‑117 (MQ=255) aaCTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATc > 2:688453/1‑150 (MQ=255) gtcgCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACcgc > 2:1028157/1‑150 (MQ=255) tcgCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACcgcg > 1:472294/1‑150 (MQ=255) cgTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCt < 2:899061/150‑1 (MQ=255) tAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACACGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCtgt < 2:344088/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGttgc < 1:288164/150‑1 (MQ=255) ggCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGttgctt < 2:62884/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCTCGCGCAAACTTCGCCGCAGCTCAGCGCTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGccc < 1:781159/132‑1 (MQ=255) gTCGCCCTCGCGCAAACTTCGCCGCAGCTCAGCGCTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGccc > 2:781159/1‑132 (MQ=255) gTCGCCCTCGCGCAAACTTCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGccc < 1:781652/132‑1 (MQ=255) gTCGCCCTCGCGCAAACTTCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGccc > 2:781652/1‑132 (MQ=255) tCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGcc > 1:344048/1‑150 (MQ=255) cGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGCCt < 2:472294/150‑1 (MQ=255) gcAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGAAGTTCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGCCTGGAACTTGa < 1:345346/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGCCTGGAACTTGAGCTgca > 2:660918/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGCCTGGAACTTGAGCTgcag > 1:154540/1‑150 (MQ=255) | CGGTAACTGTGGGTTGCGGTAGCTGGAAACCCGCTCGCGTAGACGCTCCATGGCTTGGCAGGCCTGGGCTTCGCTGGTTTCGGGCAGGATCACGCAGAACTCGTCGCCGCCGTAACGCCCGGCCTGGTCGCCCTCGCGCAAACTGCGCCGCAGCTCAGCACTGAGCTGGCGCAGTACACAGTCGCCGACCACATGGCCAAAGGTGTCGTTGATGGTCTTGAAGTGATCGATGTCGATCAGGGCAATCACCGCGTGCCCCTGTTGTTGCTTGCACGCCTGGAACTTGAGCTGCAG > NC_002947/1322965‑1323258 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |