Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,874 | T→A | 9.3% | L39Q (CTG→CAG) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,874 | 0 | T | A | 9.3% | 164.7 / 7.3 | 54 | L39Q (CTG→CAG) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/21); new base A (3/2); total (31/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 |
CTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAA > NC_002947/1416736‑1417021 | cTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACCCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTC‑‑CCTGGAACGCGCCGGGGCTCTTCACTCCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCg > 2:578176/1‑150 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc < 2:255632/148‑1 (MQ=255) tATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTc > 1:255632/1‑148 (MQ=255) aTTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCggg < 1:637418/150‑1 (MQ=255) aGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGttt > 2:962989/1‑150 (MQ=255) gACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGGACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGACCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCt > 1:309510/1‑150 (MQ=255) tAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCagctcagctc > 2:557509/1‑150 (MQ=255) tAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCagctcagctc > 2:784623/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTcagtg < 2:428659/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggt < 2:418792/123‑2 (MQ=255) ttCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggt > 1:418792/1‑122 (MQ=255) gcgGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTg > 2:1019853/1‑150 (MQ=255) tACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCa < 1:499782/150‑1 (MQ=255) ggAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCt < 1:1023464/140‑1 (MQ=255) ggAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCt > 2:1023464/1‑140 (MQ=255) ggAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCAc > 1:221595/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTTATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGCTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACAt > 2:879845/1‑150 (MQ=255) cAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTgg > 1:437272/1‑88 (MQ=255) cAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTgg < 2:437272/88‑1 (MQ=255) gggAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCAc < 1:962989/150‑1 (MQ=255) ggAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGAcccca > 2:930771/1‑147 (MQ=255) gCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGt > 2:804758/1‑150 (MQ=255) aTCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCCCATGCACGTGGTCGGc < 2:221595/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTGTTTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTg > 2:1112965/1‑150 (MQ=255) cAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCt < 1:557509/150‑1 (MQ=255) ggtgACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCa < 2:981849/150‑1 (MQ=255) acacGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCggg > 1:329230/1‑68 (MQ=255) acacGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCggg < 2:329230/68‑1 (MQ=255) acGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGCAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTATCTGCAGCTCCGATCAGTGCAGTGCTGGTCATCGACGAACATGTCGACTTCTTGCTTTTGGTCGGCTTGCTTTCACGgcgc > 1:715368/1‑150 (MQ=255) acGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcag > 1:539268/1‑76 (MQ=255) acGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGcag < 2:539268/76‑1 (MQ=255) acGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGgcgc > 1:175723/1‑150 (MQ=255) gTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTa > 1:1053344/1‑150 (MQ=255) ttCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACAGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTAc < 1:755334/150‑1 (MQ=255) tGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggtt > 1:978008/1‑55 (MQ=21) tGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCggtt < 2:978008/57‑3 (MQ=18) g‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg < 1:784623/150‑1 (MQ=255) g‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTc > 1:616887/1‑150 (MQ=255) ttGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCa < 1:75773/87‑1 (MQ=255) ttGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCa > 2:75773/1‑87 (MQ=255) gCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑Ca > 2:670105/1‑150 (MQ=255) cccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAg < 1:983687/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCGGCATCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAgg > 2:770899/1‑150 (MQ=255) cGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTGGATGCATTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACt < 2:309510/150‑1 (MQ=255) gAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTg > 1:646320/1‑150 (MQ=255) ccccGAGCAGCGCCAGGCGCCGCTCGGTGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTgcg > 2:137176/3‑150 (MQ=255) cGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGAAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGACTTGCTGTCACGGCGCGACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCgg > 2:519006/1‑150 (MQ=255) gAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCGGc > 2:915708/1‑150 (MQ=255) cggcgCCTGGCGCTGCTCGGTGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTACAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGT‑TGCTTGCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATg < 1:578176/150‑1 (MQ=255) ggcgCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgc < 2:616887/150‑1 (MQ=255) ggcgCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgc < 1:1019853/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCaa > 2:566050/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGt > 2:219607/1‑47 (MQ=255) cTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGt < 1:219607/47‑1 (MQ=255) | CTATTCAGGACCACCTGGGCTAAGTGCGCTTCGCGGTACTCGGAAGCGGCAGCCAAGGGAACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGG‑TCG‑ATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCT‑CAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAA > NC_002947/1416736‑1417021 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |