Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,556,583 | C→G | 9.5% | P149A (CCG→GCG) ‡ | purU‑II → | formyltetrahydrofolate hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,556,583 | 0 | C | G | 9.5% | 114.9 / 4.7 | 43 | P149A (CCG→GCG) ‡ | purU‑II | formyltetrahydrofolate hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/19); new base G (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
GGCAGACTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCTTCCTGCCGTCGTTC > NC_002947/1556438‑1556732 | ggCAGACTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGc < 1:1116797/150‑1 (MQ=255) aGACTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCtt > 1:73380/1‑150 (MQ=255) gACTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCttt < 2:73380/150‑1 (MQ=255) aCTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTg < 2:364802/150‑1 (MQ=255) aCTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTg < 1:796927/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGcc > 2:1094716/1‑150 (MQ=255) ctgcACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGaa < 2:505876/150‑1 (MQ=255) tgcACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCGGGGCCttgt > 1:173550/1‑142 (MQ=255) tgcACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCGGGGCCttgt < 2:173550/144‑3 (MQ=255) ccGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTTCCTAAGTGTc < 2:887812/150‑1 (MQ=255) tGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCgcgc < 2:928333/150‑1 (MQ=255) acCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTg < 1:468863/150‑1 (MQ=255) tGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATg > 2:945521/1‑150 (MQ=255) cTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTACAGGAGCATgccgc > 1:1007969/1‑150 (MQ=255) gagaTCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGa < 2:16147/137‑1 (MQ=255) gagaTCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGa > 1:16147/1‑137 (MQ=255) cccTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGTATGCCGCCGAcgtcgt > 1:109312/1‑150 (MQ=255) cGTGATTTCCAACAACAACGACGTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCATGGTCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCt > 1:182892/1‑150 (MQ=255) ttCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCg > 2:1021720/1‑150 (MQ=255) cacaACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAATACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGGAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATg > 1:457518/1‑150 (MQ=255) acaACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCGGGGCCttgtct < 1:835156/89‑5 (MQ=255) acaACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCGGGGCCttgtct > 2:835156/1‑85 (MQ=255) aaCGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAg > 2:744502/1‑150 (MQ=255) cGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGAt < 1:548907/150‑1 (MQ=255) gACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGACTTTGCCGAAGTGTCGCGCCAGGTGCAAGATCACCGCGCCGACGGCGTGGTGCTGGGCCGCTACATGCAGCTc > 1:120082/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTACTGGCCCGCTACATGCAGATCCTg > 2:368018/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTgcc < 2:1044490/150‑1 (MQ=255) gcaTGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCa > 2:580350/1‑100 (MQ=255) gcaTGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCa < 1:580350/100‑1 (MQ=255) tGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCGCAAc > 1:126006/1‑150 (MQ=255) gTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATg < 2:629660/150‑1 (MQ=255) aTTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGcc < 1:24716/150‑1 (MQ=255) ttcttcCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAg < 2:877376/150‑1 (MQ=255) ttcCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTg > 1:960440/1‑150 (MQ=255) ttcCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTg > 2:807440/1‑150 (MQ=255) tcCATGTACCGGGCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGa < 2:466215/150‑1 (MQ=255) ccATGTACCGGTCGACCCCAAACACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGGGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGAt < 1:945521/150‑1 (MQ=255) aCCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATcaca > 2:997830/1‑150 (MQ=255) ccAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAAcat > 2:856457/1‑139 (MQ=255) ccAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAAcat < 1:856457/139‑1 (MQ=255) ccAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCt > 2:744308/1‑150 (MQ=255) aaaGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGAAAACAGCCGCCGTCGTGGTGCTGGGCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCTTc > 1:982004/1‑150 (MQ=255) gACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCTTCCTg < 2:982004/150‑1 (MQ=255) cccGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCTTCCTGCCGtcgtt > 2:205553/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCTTCCTGCCGtcgttc < 1:807440/150‑1 (MQ=255) | GGCAGACTTGCTGCACCGCTGGCACACCGATGAGCTGGACTGCGAGATCCCTTGCGTGATTTCCAACCACAACGACCTGCGCAGCATGGTCGAGTGGCACGGTATTCCGTTCTTCCATGTACCGGTCGACCCCAAAGACAAGGCCCCGGCCTTTGCCGAAGTGTCGCGCCTGGTGCAGGAGCATGCCGCCGACGTCGTGGTGCTGGCCCGCTACATGCAGATCCTGCCGCCACAACTGTGCCGGGACTATGCCGAGAAGGTGATCAACATCCATCACAGCTTCCTGCCGTCGTTC > NC_002947/1556438‑1556732 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |