Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,688,589 | G→A | 8.7% | P330P (CCC→CCT) | ydcT ← | polyamine ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,688,589 | 0 | G | A | 8.7% | 125.0 / 3.4 | 46 | P330P (CCC→CCT) | ydcT | polyamine ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/23); new base A (2/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 |
GGTAAATCGCGCCGAACCAGGTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCA > NC_002947/1688443‑1688737 | ggTAAATCGCGCCGAACCAGGTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGc > 1:177019/1‑150 (MQ=255) gcCGAACCAGGTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCt < 1:1009372/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAgg < 1:1121388/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGtt < 1:841263/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGCCCTCTCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGtt < 1:477235/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGc < 1:807175/150‑1 (MQ=255) cggcggGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGa < 1:572484/150‑1 (MQ=255) cggcggGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGa < 2:826035/150‑1 (MQ=255) 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aGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCcagcag < 2:178567/150‑1 (MQ=255) gtgtGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAACACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCACGGGGGCTCAGGCCCGCTTCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGCCGACCGCTg > 1:78861/1‑150 (MQ=255) cTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTc > 2:386132/1‑111 (MQ=255) cTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTc < 1:386132/111‑1 (MQ=255) tCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGc < 1:576823/96‑1 (MQ=255) tCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGc > 2:576823/1‑96 (MQ=255) tCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGc > 2:637088/1‑150 (MQ=255) cATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCt < 1:637088/150‑1 (MQ=255) gCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTc > 2:887080/1‑150 (MQ=255) gCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTc < 1:887080/150‑1 (MQ=255) cTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCg > 1:899240/1‑150 (MQ=255) 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tGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTg > 1:927950/1‑150 (MQ=255) tGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTg > 1:997072/1‑150 (MQ=255) tGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTg > 2:89648/1‑150 (MQ=255) gccccgcgAGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTg < 1:558506/84‑1 (MQ=255) gCCCCGCGAGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTg > 2:558506/1‑88 (MQ=255) cTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATc < 2:899240/150‑1 (MQ=255) ggggCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGCAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTgca < 2:1042626/150‑1 (MQ=255) | GGTAAATCGCGCCGAACCAGGTCAGCGGCGGGATCAACAGCAGTGCCAGGTACAGGTTGGGGCGCCGGTACAGCAGGTTGGACAGGGTGCGCAGTGTGCTCATGTCAGCGGCCCTCGGTTTCCTGCAGCACCGTCATGGCCTCGCGGGGCCAGTGCGCCTGCAGGCGTTGCCCGAGCTGCCAGGCCTGCATCTGCTTCTGCCAGCGGTCATTGGCCTGGCTTACTGCCAGCAGTTGACCGTTGTCCAGCTGCAGTTCGTAGCGGGTGGCGCTGCCTTGGTACTGGACATCGTGCA > NC_002947/1688443‑1688737 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |