Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,693,834 | C→G | 7.2% | R87R (CGC→CGG) ‡ | PP_1489 → | CheW domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,693,834 | 0 | C | G | 7.2% | 170.1 / 4.9 | 56 | R87R (CGC→CGG) ‡ | PP_1489 | CheW domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/30); new base G (2/2); total (24/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.39e-01 |
GTGTTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAGGA > NC_002947/1693688‑1693980 | gtgtTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCACCGTTGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCctg < 1:860230/150‑1 (MQ=255) tgtTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCctgg < 1:498268/150‑1 (MQ=255) gcgTCAGCCGTGCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCAGGcgggtgctggt < 2:1085771/150‑1 (MQ=255) gcgTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCAGGcgggtgctggt < 2:641932/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTa > 1:695297/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAg < 2:873410/150‑1 (MQ=255) tCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAg > 1:535159/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCAATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTAGCCTGCCGCCGGTGGAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAg < 1:862377/150‑1 (MQ=255) gCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAggcgg > 2:81192/1‑150 (MQ=255) gcgacccAGGCAGGTGCCTGGGCCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTg > 2:643183/5‑150 (MQ=255) cGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCa < 1:123664/150‑1 (MQ=255) cccAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGc > 2:601660/1‑150 (MQ=255) cAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCtt < 2:6428/150‑1 (MQ=255) ctgcctgGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGa < 2:785458/150‑1 (MQ=255) tgcctgGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGAt > 2:805320/1‑150 (MQ=255) tgcctgGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGCGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGAt > 2:940854/1‑150 (MQ=255) tgGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAAAGCACCAGCACCCGCCTGGCGCTGGTGCACTAGCGCGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTTATCCTg < 2:739497/150‑1 (MQ=255) cacgatgggCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGa > 1:866525/7‑150 (MQ=255) tCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAGCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGc > 1:788200/1‑150 (MQ=255) gggCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGc < 1:81192/150‑1 (MQ=255) cATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCAc < 1:643183/150‑1 (MQ=255) tcGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACAGaaa > 2:551137/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGTGTTGTTCTTCCTGCGGTGCAACGCACCAGCACACACCTTGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGc < 1:805320/150‑1 (MQ=255) gttaTCGACCTTGCCGTCTTGATCTTTGGCTAGTCGGCGGTGCAACGCACCAGTACCCGCCTGGTGCTGGTTCACTACCGAGGCGGCCTGCATCTTTGCCTGATCCTGGAGCAGCCCACCGAAATCCTGCGTTGCCAACCTGACGAGTTc < 2:500908/147‑1 (MQ=255) gTCATCGCCCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTc < 1:566365/150‑1 (MQ=255) gTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCATCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTCACGTCGGTCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTc < 1:1049944/150‑1 (MQ=255) ccgccTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATgggg > 1:546213/1‑150 (MQ=255) ccgccCTGAGCTTTGGCCAGCCGGCTGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATgggg > 2:15495/1‑150 (MQ=255) cgccTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGt > 1:1017711/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGNTgg < 2:695297/150‑1 (MQ=255) ccTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTgg < 2:139971/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGa < 1:478019/150‑1 (MQ=255) ttGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTAt > 2:155619/1‑141 (MQ=255) ttGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTAt < 1:155619/141‑1 (MQ=255) cTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAgg > 2:865318/1‑150 (MQ=255) cAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGt < 2:436675/134‑1 (MQ=255) cAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGt > 1:436675/1‑134 (MQ=255) cAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATgcg > 1:809138/1‑150 (MQ=255) aGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATgcgc < 1:92205/150‑1 (MQ=255) aGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATgcgc < 2:809138/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGcc < 2:535159/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGCGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGcc < 1:940854/150‑1 (MQ=255) gggTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATc < 2:729750/149‑1 (MQ=255) ggTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCt < 2:866525/150‑1 (MQ=255) cAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGc < 1:696992/150‑1 (MQ=255) aCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGt < 2:538108/104‑1 (MQ=255) aCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGt > 1:538108/1‑104 (MQ=255) gCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCgg > 1:972969/1‑150 (MQ=255) ccAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAAc > 1:1066573/1‑76 (MQ=255) ccAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAAc < 2:1066573/76‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGCGGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACCTGCTATGCGCCTTATCTGGGCCCGGtcc > 2:9759/1‑148 (MQ=255) ccAGCACCAGGCGGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTgc > 1:857869/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAg > 2:353127/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAACCCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAGGa < 2:972969/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGt > 1:580040/1‑108 (MQ=255) ccGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGt < 2:580040/108‑1 (MQ=255) | GTGTTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACTACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAGGA > NC_002947/1693688‑1693980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |