| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,827,681 | C→A | 10.5% | L165M (CTG→ATG) | recA → | recombinase RecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,827,681 | 0 | C | A | 10.5% | 102.7 / 4.0 | 40 | L165M (CTG→ATG) | recA | recombinase RecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/19); new base A (2/2); total (18/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
GCCGGACACCGGTGAGCAGGCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCGGCAGCCCGGAAACCACTACCGGTGGTAACGCCCTG > NC_002947/1827539‑1827830 | gCCGGACACCGGTGAGCAGTCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGc < 2:1024556/150‑1 (MQ=255)gCCGGACACCGGTGAGCAGGCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGc < 2:792989/150‑1 (MQ=255)gCCGGACACCGGTGAGCAGGCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGc < 1:698113/150‑1 (MQ=255) cGGTGATCAGGCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGAt < 1:956689/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTccc < 1:360062/150‑1 (MQ=255) cccTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGCCTCCGTTGCCGCGCTAGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCAc < 1:150263/150‑1 (MQ=255) ttGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGc > 1:648826/1‑150 (MQ=255) ttGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCATGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGc > 2:660952/1‑150 (MQ=255) ttGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCATGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGc > 2:660933/1‑150 (MQ=255) gAAATCACCGACATGCTGGTTCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACGGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCTTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGt > 2:247764/1‑150 (MQ=255) aaTCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGGTCAGTGTCGACTGCGTTGGCGGGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGAATGTGGGCCTGCCGGCCCGACTCATCTCTCAGGCACTGCGTaa < 2:800285/150‑1 (MQ=255) cGACATGCCGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCAc < 1:940171/150‑1 (MQ=255) aCATGCTGGTGCGTTCCAACCCGGTCGACGTGATCATTGTCGTCTCCGTTGCCGCGGTGGTACCGACGACCGATATCCGAGGCGAGATGGGTGACATGCACGTGGGAGTTCAGGCCCGCCTGATGTCTCAGTCACGGCGGAAGATCACCg < 2:483689/150‑1 (MQ=255) cgctCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGccca > 2:763468/4‑106 (MQ=255) cgctCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGccca < 1:763468/104‑2 (MQ=255) ttCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCTAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGaa < 1:182785/150‑1 (MQ=255) tCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAAc > 1:745531/1‑140 (MQ=255) tCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAAc < 2:745531/140‑1 (MQ=255) gACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTg > 2:604234/1‑150 (MQ=255) gTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCg < 1:784535/121‑1 (MQ=255) gTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCg > 2:784535/1‑121 (MQ=255) aTCATTGTCGACTCCGTTGCCGGGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATc < 2:139320/150‑1 (MQ=255) gTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTtcatc < 2:86435/150‑1 (MQ=255) gACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAAc < 1:604234/150‑1 (MQ=255) tCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAg > 1:305381/1‑150 (MQ=255) cgcgCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTAt > 2:1005442/1‑150 (MQ=255) gcTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCATGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGaa < 1:660933/150‑1 (MQ=255) gcTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCATGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGaa < 1:660952/150‑1 (MQ=255) aCCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGGCATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCgg > 2:659597/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGgtg > 2:420783/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGGAACATCAAAAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGCTCCGTATGAAGATCGgtgt > 1:234365/1‑150 (MQ=255) aGGCCGAGATCGAAGGGGAGATGGGTGACATGCATGTGGGACTACAGTCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGGCTAACTTCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGa < 1:247764/150‑1 (MQ=255) agaTCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCg > 1:940458/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCaa < 2:220047/84‑1 (MQ=255) cGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCaa > 1:220047/1‑84 (MQ=255) gAAGGCGAGTTGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTAGGCAGc < 2:305381/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCGGCAGc > 1:541243/1‑150 (MQ=255) ggCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCGGCAGCCCg > 2:90958/1‑150 (MQ=255) ggTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCGGCAGCCCGGAAACCACt > 1:866371/1‑150 (MQ=255) gTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCGGCAGCCCGGAAACCACTa < 1:420783/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGACTGGTCATCTTCATCAACCAGAACCGACTGAAGATTAGCGTGATGTTCGGCAGCCAGGAAACCGCTACCGGTGGAAACGCCCTg > 2:346497/1‑150 (MQ=255) | GCCGGACACCGGTGAGCAGGCCCTTGAAATCACCGACATGCTGGTGCGTTCCAACGCGGTCGACGTGATCATTGTCGACTCCGTTGCCGCGCTGGTACCGAAGGCCGAGATCGAAGGCGAGATGGGTGACATGCATGTGGGCCTGCAGGCCCGCCTGATGTCCCAGGCACTGCGTAAGATCACCGGTAACATCAAGAACGCGAACTGCCTGGTCATCTTCATCAACCAGATCCGTATGAAGATCGGTGTGATGTTCGGCAGCCCGGAAACCACTACCGGTGGTAACGCCCTG > NC_002947/1827539‑1827830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |