Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,907,549 | T→C | 7.6% | T78A (ACC→GCC) | PP_1707 ← | D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,907,549 | 0 | T | C | 7.6% | 148.4 / 2.5 | 53 | T78A (ACC→GCC) | PP_1707 | D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/22); new base C (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
GAACGAAGCGGTCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGTTCGTAGTA > NC_002947/1907402‑1907696 | gaacgaaGCGGTCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGc > 2:480227/1‑150 (MQ=255) gaacgaaGCGGTCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGc > 1:757042/1‑150 (MQ=255) gTCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCAtt < 1:219216/150‑1 (MQ=255) gTCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGGGCCGACGCCAtt > 1:1075216/1‑150 (MQ=255) tCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACGGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATGACAGGCAGAGGCCAGGGCGACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTg > 1:916504/1‑150 (MQ=255) tCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGCACCGACGcggtag < 1:880623/150‑6 (MQ=255) cACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGa < 2:916490/150‑1 (MQ=255) aCCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCa > 1:1100287/1‑145 (MQ=255) aCCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCa < 2:1100287/145‑1 (MQ=255) cGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGGTGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACgg > 1:291549/1‑150 (MQ=255) gTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCg > 2:1070504/1‑150 (MQ=255) aGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCa < 2:41693/150‑1 (MQ=255) cccGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGa > 1:194557/1‑150 (MQ=255) cccGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGa > 1:676384/1‑150 (MQ=255) ccGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAg > 1:1035512/1‑150 (MQ=255) gATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGgcg > 2:914731/1‑150 (MQ=255) agcagGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGAt > 2:276975/1‑125 (MQ=255) agcagGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGAt < 1:276975/125‑1 (MQ=255) ccGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAgc < 2:130470/150‑1 (MQ=255) gATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCATTGTTGGGCAGGCGCGCCATCAgcgc < 1:309708/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCt < 2:925289/150‑1 (MQ=255) gTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGtgtg < 1:163730/150‑1 (MQ=255) tCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTgg < 1:231196/150‑1 (MQ=255) cTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGgcc > 1:482125/1‑150 (MQ=255) tCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGgtgt > 1:1020009/1‑145 (MQ=255) tCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGgtgt < 2:1020009/145‑1 (MQ=255) cGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCAcgc > 2:15140/1‑150 (MQ=255) aTGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCgg > 1:837676/1‑139 (MQ=255) aTGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCgg < 2:837676/139‑1 (MQ=255) tGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCAcgccgc < 2:732720/150‑1 (MQ=255) gCCGTCACCTGGATGCCGCGATCGCGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAata > 2:552830/1‑150 (MQ=255) aCCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGcc > 2:894880/1‑113 (MQ=255) aCCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGcc < 1:894880/113‑1 (MQ=255) ccTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAg < 1:552830/150‑1 (MQ=255) gCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATgctg < 1:15140/150‑1 (MQ=255) cGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAg < 1:1089884/150‑1 (MQ=255) gggCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTACCAGCATGCTGGCTGACGTAgg > 2:560244/1‑150 (MQ=255) gCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATgctgg < 2:597638/138‑1 (MQ=255) gCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATgctgg > 1:597638/1‑138 (MQ=255) aGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGcctcct > 2:310151/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCtt < 2:676384/150‑1 (MQ=255) gcaaGGTCTACCGGGTCGGTGCAGCCGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTGGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCttt > 2:321562/4‑149 (MQ=255) gCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTa < 2:623695/140‑1 (MQ=255) gCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTa > 1:623695/1‑140 (MQ=255) gCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTg > 1:210330/1‑150 (MQ=255) aatggcgTCGGCACCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTg > 2:430479/5‑150 (MQ=255) tggcgTCGGCACCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGa > 2:504294/3‑72 (MQ=255) tggcgTCGGCACCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGa < 1:504294/70‑1 (MQ=255) ccGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGtt > 1:361895/1‑150 (MQ=255) ccGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGtt > 1:278739/1‑150 (MQ=255) gcgTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTGGAGGTTGGGCAGGCGCGCCAACAGGGCCTGGCTGCTGCCGGAGGGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCTAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGTTCg > 1:411904/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGTTCgta < 1:560244/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGTTCgtagta < 2:114669/150‑1 (MQ=255) | GAACGAAGCGGTCACCGGTGCAGATCCCCCGGCACAAGCCGATCAGCAGGCCGATGGCAAGATCGGCGACGTCCTCGGTGAGCGCACCGATGGTCGCCGTCACCTGGATGCCGCGATCACGGGCATAGGCCAGGTCTACCGCGTCGGTGCCGACGCCATTGACGGCGATCACTTCGAGGTTGGGCAGGCGCGCCATCAGCGCCTGGCTGATGCCGGTGTGGCCGCCGGTGATCACGCCGCGAATATTGCCAGCATGCTGGCTGACGTAGGCCTCCTTGTCGGCCTGTTCGTAGTA > NC_002947/1907402‑1907696 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |