| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,103,042 | C→G | 11.2% | noncoding (35/76 nt) | PP_t23 → | tRNA‑Gly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,103,042 | 0 | C | G | 11.2% | 98.4 / 5.7 | 36 | noncoding (35/76 nt) | PP_t23 | tRNA‑Gly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/16); new base G (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
TGTTCTGGTGCACTGAAAAGTGTTGTGTGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAAATGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAGTGGTGGTGAAGGTCGTAAAGGCGCTTCACGCCGAACGTGGTAAAGCTTCAAATTGCGGGAATA > NC_002947/2102901‑2103177 | tgatcgggTGCACTGAAGAGGGCGGGGTGTCCCCCTCGTCCAGGGGGCTAGGACACCGGCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGGTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAAATGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCg < 2:791623/144‑1 (MQ=11) ttCTGGTGCACTGAAAGTTGTTGTGTGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAAATGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCggg > 2:460900/1‑150 (MQ=255) tgttgtGTGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGTGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAAATGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGa > 2:408637/1‑139 (MQ=255) tgttgtGTGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGTGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAAATGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGa < 1:408637/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAGTGGTGGTGAAGGTCGTAAAGGCGCTTCACGCCGAACGTGGTAAAGCTTCAAATTGCGGGAATa < 2:779577/150‑1 (MQ=255) accccGACCTTGGCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAGTGGTGGTGAAGGTCGTAAAgg < 2:340851/102‑1 (MQ=255) accccGACCTTGGCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAGTGGTGGTGAAGGTCGTAAAgg > 1:340851/5‑106 (MQ=255) cACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAgtg < 2:856951/85‑1 (MQ=255) cACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAgtg > 1:856951/1‑85 (MQ=255) ccAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAgtggtg < 2:51645/78‑1 (MQ=255) ccAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAgtggtg > 1:51645/1‑78 (MQ=255) | TGTTCTGGTGCACTGAAAAGTGTTGTGTGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAAATGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAGTTTAAATACTGTGGCGTCTATGCGGTGCAGTGGTGGTGAAGGTCGTAAAGGCGCTTCACGCCGAACGTGGTAAAGCTTCAAATTGCGGGAATA > NC_002947/2102901‑2103177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |