Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,281,073 | T→A | 6.1% | intergenic (+88/‑149) | fadH → / → PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,281,073 | 0 | T | A | 6.1% | 204.5 / 4.0 | 66 | intergenic (+88/‑149) | fadH/PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/30); new base A (2/2); total (34/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 |
CGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGAT > NC_002947/2280928‑2281219 | cGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGCACTCCCGACACCTGCACGCGAGGGCGGAGAGATGATCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGc‑c > 1:624570/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCGCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGc‑c < 1:401921/150‑1 (MQ=255) tGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGgtgt > 2:209161/1‑150 (MQ=255) ggATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGtt > 1:721924/1‑150 (MQ=255) ccAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGGGGCTGGGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCgg < 2:68447/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGt < 1:993504/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGt < 1:989731/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGt < 1:848201/150‑1 (MQ=255) 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cAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTacg > 2:299986/1‑150 (MQ=255) cAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGAGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTacg > 1:376356/1‑150 (MQ=255) tCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGc < 1:65660/150‑1 (MQ=255) gTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGc > 2:912464/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGc < 1:912464/150‑1 (MQ=255) 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aGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCtgt < 1:662753/150‑1 (MQ=255) ggTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCtgtg > 2:738964/1‑150 (MQ=255) ttGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTc > 2:1130214/1‑150 (MQ=255) tCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAg > 2:950944/1‑150 (MQ=255) tGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGTATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCt < 1:12396/150‑1 (MQ=255) 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cGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGa > 2:192034/1‑150 (MQ=255) gACACCTGCACGCGTGGGCGCGCGCCTGCCCGTGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCCCTGTTTTTTCTCGCTG‑TCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGAt < 1:299986/150‑1 (MQ=255) ttcgCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCACCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg > 2:1061109/4‑150 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg < 1:154310/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCAACGGCCTTGA‑CGGTGTTCAAGCGTAATTGCGCCCCTACTACGGTCTTTTCCTGTGCATCTATTCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg < 2:970897/150‑1 (MQ=25) 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ccgcgaacACCGGCAATGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCt < 1:147365/143‑1 (MQ=255) gATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGt > 1:657379/1‑150 (MQ=255) aacACCGGCAATGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGGCGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTaaa > 2:430904/3‑150 (MQ=255) cACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg > 1:91107/1‑110 (MQ=255) cACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCggcgggggcgg < 2:91107/110‑1 (MQ=255) cACCGGCAATGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGa > 1:1106900/1‑75 (MQ=255) cACCGGCAATGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGa < 2:1106900/75‑1 (MQ=255) gCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGAt > 2:1037699/1‑150 (MQ=255) | CGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCTGCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGC‑CGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGAT > NC_002947/2280928‑2281219 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |