Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,520,750 | T→A | 9.9% | L653Q (CTG→CAG) | PP_2212 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,520,750 | 0 | T | A | 9.9% | 113.4 / 4.7 | 41 | L653Q (CTG→CAG) | PP_2212 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/19); new base A (2/2); total (20/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 |
TTTCCAGCGTGTTCGGCTGAAGGCGTTGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGGCGCGTGTCGAGCGGCGGCTGCCA > NC_002947/2520607‑2520895 | tttCCAGCGTGTTCGGCTGAAGGCGTTGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGa < 2:117608/150‑1 (MQ=255) gtTCGGCTGAAGGCGTTGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTg < 1:179275/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGTTGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGCGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGa < 1:625197/150‑1 (MQ=255) gTTGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATAGGTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCt > 1:182563/1‑150 (MQ=255) tGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGa < 1:1044017/150‑1 (MQ=255) tGATGCCAGCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGCAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGa < 2:608258/150‑1 (MQ=255) aTGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGGGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCTCCGGACAGGACAGTCACTGGCGGGAGGCCCGCTGAGc > 1:500224/1‑150 (MQ=255) aTGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGc < 1:277964/150‑1 (MQ=255) aTCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCt < 2:268377/141‑1 (MQ=255) aTCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCt > 1:268377/1‑141 (MQ=255) aTCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGtt > 2:59248/1‑150 (MQ=255) tCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGGTGGGTCGCTGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTg > 2:34645/1‑150 (MQ=255) tCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTg < 2:954671/150‑1 (MQ=255) aCAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGATGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCATGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGAACCGCTGAGCATTTTGGTaa > 2:132079/1‑150 (MQ=255) gAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACACGCTGAGCATGTTGGTAAAACgg > 1:339341/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACt > 1:592676/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTCAAACGGGACTTCCCGGGt > 2:142310/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGTGACTTCCCGGGt > 2:847374/1‑150 (MQ=255) aaGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCAGAcc > 1:1119090/1‑85 (MQ=255) aaGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCAGAcc < 2:1119090/86‑2 (MQ=255) aaGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCAGAcc < 2:1119582/86‑2 (MQ=255) aaGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCAGAcc > 1:1119582/1‑85 (MQ=255) gCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCg < 1:122720/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGACCGCAAATGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCg > 2:543745/1‑150 (MQ=255) aGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGcc > 2:935956/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGCCTTCCATTGTTTGCCTTCGGccga < 2:801181/150‑3 (MQ=255) gACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCg < 1:59248/150‑1 (MQ=255) gACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCAGGGTTTGCCTTCCGCCTACATCAATGAAATACCCg < 2:592676/150‑1 (MQ=255) gCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGa > 2:180665/1‑102 (MQ=255) gCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGa < 1:180665/102‑1 (MQ=255) aGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACACGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGc < 2:339341/150‑1 (MQ=255) ggTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCt > 1:1096591/1‑150 (MQ=255) gTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCgg > 1:855622/1‑112 (MQ=255) gTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCgg < 2:855622/112‑1 (MQ=255) gTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGgc < 2:1096591/150‑1 (MQ=255) gCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGgcgc < 2:25104/146‑1 (MQ=255) gCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGgcgc > 1:25104/1‑146 (MQ=255) gCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGGCGCgtgt > 1:722656/1‑150 (MQ=255) gCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGGCGCgtgt > 1:197997/1‑150 (MQ=255) cAATTGTTTGCTCGCCTGGCAGAACAGTCCCTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAACACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAACGAAGTGGCCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGGCGCGTGTCGAg < 2:500224/150‑1 (MQ=255) cGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCATACGCATGAGCTTGAGCACCAAATGGCGCGTGTCGAGCGGCGGCTGCCa < 1:758199/150‑1 (MQ=255) | TTTCCAGCGTGTTCGGCTGAAGGCGTTGATGCCATCGGACAGGGAGCTGCTGGCCTGGTGTGAAGCAAGGCCAGGCGTGGGCGCCGGACTGGAGCAGATGCAGGTGCATGAGGCTGGGTTGCGGCCGCAATTGTTTGCTCGCCTGACAGAACAGTCACTGGCAGCAGACCCGCTGAGCATGTTGGTAAAACGGGACTTCCCGGGTTTGCCTTCGGCCTACATAAATGAAGTAACCGGTCAGGCGCATGAGCTTGAGCACCAAATGGCGCGTGTCGAGCGGCGGCTGCCA > NC_002947/2520607‑2520895 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |