Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,565,917 | G→T | 10.2% | R360S (CGT→AGT) | pctB ← | methyl‑accepting chemotaxis protein PctB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,565,917 | 0 | G | T | 10.2% | 107.7 / 2.4 | 39 | R360S (CGT→AGT) | pctB | methyl‑accepting chemotaxis protein PctB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/15); new base T (2/2); total (22/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
GCCGCAGCGACGCTGTTGGTGCGCATGCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGAATCA > NC_002947/2565778‑2566066 | gCCGCAGCGACGCTGTTGGTGCGCATGCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACaaaa > 2:76140/1‑150 (MQ=255) aGCGACGCTGTTGGTGCGCATGCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCAGGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGtt < 1:1058203/150‑1 (MQ=255) gTGCGCATGCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGcc > 1:802772/1‑150 (MQ=255) gTGCGCATGCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGcc > 1:701154/1‑150 (MQ=255) cgcATGCTCTGTTCTTCAGTCCCGATGACCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGt < 1:572972/150‑1 (MQ=255) gCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGcc < 2:802772/150‑1 (MQ=255) ctGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGaa < 2:644173/150‑1 (MQ=255) tcANACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACGACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACCAGGGAGCCAGTTCGCCGAACTCGTcc > 2:694164/1‑150 (MQ=255) aCCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACg < 1:25766/100‑1 (MQ=255) aCCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACg > 2:25766/1‑100 (MQ=255) cccGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGtt < 2:668699/150‑1 (MQ=255) ccGATGATCGCCGCATTGGACGCGCTCACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTc < 1:573350/150‑1 (MQ=255) ccGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGAGACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTc > 2:33843/1‑150 (MQ=255) gatgatCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTg > 2:870770/1‑150 (MQ=255) cGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGc < 2:916821/150‑1 (MQ=255) ttGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAggcgg > 1:112452/1‑150 (MQ=255) gACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGcggcgg < 1:213870/150‑1 (MQ=255) cgcTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTaa > 1:526448/1‑150 (MQ=255) cACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACTTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGcggcgg > 2:740446/1‑139 (MQ=255) 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gggTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGgcgc < 2:778290/150‑1 (MQ=255) cGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCAt > 1:341511/1‑150 (MQ=255) gAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCAtg > 1:652772/1‑150 (MQ=255) gAGGACACGTCGCTGAGCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCCCCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCAtg < 2:438448/150‑1 (MQ=255) gACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCAtggtg < 2:600176/150‑1 (MQ=255) acTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTc > 1:1004671/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAg > 1:780344/1‑150 (MQ=255) cggATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCggg > 2:188670/3‑150 (MQ=255) tGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCAcc > 2:894888/1‑150 (MQ=255) aTACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGa > 2:713305/1‑150 (MQ=255) tACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGaa > 2:339514/1‑150 (MQ=255) gTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGAATca > 1:478047/1‑150 (MQ=255) gTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGAATca > 1:739347/1‑150 (MQ=255) gTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGAATca > 1:739148/1‑150 (MQ=255) | GCCGCAGCGACGCTGTTGGTGCGCATGCTCTGTTCTTCAGACCCGATGATCGACGCATTGGACGCGCTGACCACTTTCTCCGAAAGGTCATGCACCAGGCGGGTGGCCGAGGACACTTCGCTGATCGAGGCATGGATACGTTCGACAAAACGGTTGAACGAGGTAGCCAGTTCGCCGAACTCGTCCTTGTTCTGCACGGCCAGGCGGCGGGTAAGGTCACCTTCACCCTCGGCGATGTCGCGCATGGCGCGGCCCATGGTGGTCAGCGGGCTCATCAGCACCGGAATCA > NC_002947/2565778‑2566066 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |