| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,569,698 | G→A | 8.1% | intergenic (‑108/+44) | PP_2252 ← / ← PP_2253 | hypothetical protein/GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,569,698 | 0 | G | A | 8.1% | 159.0 / 3.4 | 58 | intergenic (‑108/+44) | PP_2252/PP_2253 | hypothetical protein/GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/31); new base A (3/2); total (25/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
GCCAGCAGAAGGCAGAGCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAACTCCAGGGCCGCTTCGGCATCACCTTGCTCCACGGCATCGATGATTGCC > NC_002947/2569550‑2569841 | gCCAGCAGAAGGCAGAGCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCCCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAACGGTTGCGt < 2:104641/150‑1 (MQ=255) cagcagAAGGCAGAGCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCGCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGa < 1:681770/150‑1 (MQ=255) cagcagAAGGCAGAGCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGa > 2:568397/1‑150 (MQ=255) agagCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCTGGGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCATGAGCGCGGCCTg > 2:212879/1‑150 (MQ=255) agagCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGc < 1:239538/150‑1 (MQ=255) agagCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGc < 1:681037/150‑1 (MQ=255) agagCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCATGAGCGCGGCCTGc > 2:212454/1‑150 (MQ=255) gagCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCg > 1:527288/1‑150 (MQ=255) cAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCa < 2:957113/150‑1 (MQ=255) aaCAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCag > 2:540864/1‑150 (MQ=255) tCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCTCCACTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGt > 1:966200/1‑150 (MQ=255) tCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCAGGAGGGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGt > 2:986268/1‑150 (MQ=255) aaCTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAACTGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCCGCGCGATCGCGTCAGcc > 2:96657/1‑150 (MQ=255) aaCTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCACATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGcc < 2:106308/150‑1 (MQ=255) aCGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGc > 1:939265/1‑124 (MQ=255) aCGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGc < 2:939265/124‑1 (MQ=255) aCGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTc > 1:1107708/1‑150 (MQ=255) gACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGt < 2:1107708/150‑1 (MQ=255) ccTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGCGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTAtta < 2:214755/150‑2 (MQ=255) ccTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTc < 1:468205/150‑1 (MQ=255) cTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTTAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTcc > 1:557229/1‑150 (MQ=255) cTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTcc > 1:1105075/1‑150 (MQ=255) cTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTcc > 1:709042/1‑150 (MQ=255) cTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTcc > 2:861252/1‑150 (MQ=255) 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agGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCtt < 2:630349/150‑1 (MQ=255) t‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTttct < 1:488872/150‑1 (MQ=255) t‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTttct < 2:387493/150‑1 (MQ=255) ggggTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCa < 2:647003/150‑1 (MQ=255) gggTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCaga < 1:687204/100‑1 (MQ=255) gggTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCaga > 2:687204/1‑100 (MQ=255) tcGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGc < 2:470391/88‑1 (MQ=255) tcGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGc > 1:470391/1‑88 (MQ=255) tcGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTc > 1:353250/1‑150 (MQ=255) aaGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAg > 1:470423/1‑150 (MQ=255) aGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCt < 2:1105075/150‑1 (MQ=255) aGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCt < 1:540864/150‑1 (MQ=255) ggTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCtgt > 2:27431/1‑150 (MQ=255) tGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGc < 1:259924/150‑1 (MQ=255) gggCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCAt < 1:1016724/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGGGCTTTTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCGGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTTGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTGTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCaa < 1:204633/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCaa < 1:1060813/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCATGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAAc < 1:212454/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCATGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAAc < 1:212879/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAACTCCAgg < 2:277152/150‑1 (MQ=255) cAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAACTCCAGGGCCGCTTCgg > 2:482429/1‑150 (MQ=255) cATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAACTCCAGGGCCGCTTCGGCATCa > 1:234672/1‑150 (MQ=255) 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tGGTTGCGTGAGCGGGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCTGGCTGGTTGGGTCATCCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCTAGCTGCCTGGGCATCGACTCCAGCGCCGCTTCGGTATCACCTTGCTCCACGGCATCGGTGCTTGc < 2:60673/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGTGAGCGCGGCCTGGGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAACTCCAGGGCCGCTTCGGCATCACCTTGCTCCACGGCATCGATGATTGcc < 1:834030/150‑1 (MQ=255) | GCCAGCAGAAGGCAGAGCAACAGGAGGACTCGAGAACTCACGCGACCGCCTCCCTGGTAGAGGCT‑GGGGGGGTTCTCGAAGTATAGGGTGGGGCTGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCATCGCCCGCTCAGCAGCGCTGCAAATGGTTGCGTGAGCGCGGCCTGCGTCAGAGCGATCGCGTCAGCCTGGTCGGGTTATTCCAGGTCCAGCTTTTCTTCCAGGCGGTCAAGGTGCCTGTGCATCAACTCCAGGGCCGCTTCGGCATCACCTTGCTCCACGGCATCGATGATTGCC > NC_002947/2569550‑2569841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |