Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,585,151 | G→T | 11.1% | G129G (GGC→GGA) | folD‑II ← | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,585,151 | 0 | G | T | 11.1% | 127.2 / 4.7 | 45 | G129G (GGC→GGA) | folD‑II | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/20); new base T (2/3); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 |
ATGGCCATCGGGCGGCCAACGATGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCCGGCAGCGGCAGTTGCAACAGGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTGAGACGGTCGATCAGCTC > NC_002947/2585008‑2585297 | aTGGCCATCGGGCGGCCAACGATGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGAtg > 2:779151/1‑150 (MQ=255) cATCGGGCGGCCAACGATGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTa < 1:316601/150‑1 (MQ=255) gggCGGCCAACGATGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTTCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCGGCAGTGGGATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACggg > 1:73829/1‑150 (MQ=255) 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gCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAg < 2:220513/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATACTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAg > 1:312945/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTTTGCcgg < 2:346704/150‑1 (MQ=255) agcagGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGTCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCcggcagc < 1:995036/150‑1 (MQ=255) agcagGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGTCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCcggcagc < 1:995068/150‑1 (MQ=255) 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gAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGagca < 1:288052/78‑1 (MQ=255) gAATACGCTGGGCCAAGCGGCCGATGTTGTACGGGTGAAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGAGCGAATGCTCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCCGGCAGCGGCAGTTGCAACAGGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTga > 2:230004/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCCGGCAGCGGCAGTTGCAACAGGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTGAGACGGt < 2:118921/150‑1 (MQ=255) atagggCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTACAGGTGTGCCAGCAGCGGCAGTTGAAACAGGAAGACGTCAAGGGCGGGGTCGTGATTGAGACggg > 1:588200/4‑149 (MQ=255) ccAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCCGGCAGCGGCAGTTGCAACAGGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTGAGACGGTCGATCa > 2:811761/1‑150 (MQ=255) ggcggcCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCCGGCAGCGGCAGTTGCAACAGGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTGAGACGGTCGATCAGCt < 2:733994/150‑1 (MQ=255) gcggcCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGAGCTCGAGCAGCAACGCGGCGTCCAGGTGTACCAGCAGCGGCAGTGGTAACATGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTGAGACGGTCGATCAGCTc > 2:401890/1‑150 (MQ=255) | ATGGCCATCGGGCGGCCAACGATGTTGGACGCGCCGACGATCACCGCGTTCATGCCGTACAGGTCCTGGCCGGTGCTTTCCAGCAGGGTCATGATGCCTTTCGGTGTGCACGGGCGCAGCAGTGGAATACGCTGGGCCAGGCGGCCGATGTTGTACGGGTGGAAGCCGTCCACATCCTTGTCCGGGCGAATGCGCTCGAGCAGCAACGAGGCGTCCAGGTGTGCCGGCAGCGGCAGTTGCAACAGGATGCCGTCGACGGCCGGGTCGTCATTGAGACGGTCGATCAGCTC > NC_002947/2585008‑2585297 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |