Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,711,029 | T→G | 9.1% | intergenic (+289/+25) | PP_2373 → / ← PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,711,029 | 0 | T | G | 9.1% | 120.3 / 2.6 | 51 | intergenic (+289/+25) | PP_2373/PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/26); new base G (3/2); total (23/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTGCGCGGT > NC_002947/2710880‑2711178 | tACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGtt < 2:1024575/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCAc > 2:1080212/1‑150 (MQ=255) ggccgggccTGCTGGCCAATTTCCCCCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGAGTTGTATACAGTCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAaga < 1:694028/150‑1 (MQ=21) gccgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCAACCTAAGCACCGCCTTCGCGTTCGCGGGTAAACCCGCACCGGCGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAagag < 1:1097696/150‑1 (MQ=21) cgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 1:140357/150‑1 (MQ=255) gccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCgg > 2:670745/1‑150 (MQ=255) tgGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAgg > 1:693329/1‑150 (MQ=255) gCCAATTTCCACCTGCCGTTCATCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgcgc < 2:858327/133‑2 (MQ=255) gCCAATTTCCACCTGCCGTTCATCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgcgc > 1:858327/1‑132 (MQ=255) cAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAg > 2:659426/1‑150 (MQ=255) tttCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCgg < 1:562772/150‑1 (MQ=255) cccTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAg < 2:719411/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGTTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAg < 1:287608/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCCGGAGGCGCGGGCTCACCCCCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAg > 2:199954/1‑150 (MQ=255) ccGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCa > 1:490590/1‑150 (MQ=255) cGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAg < 2:30602/150‑1 (MQ=255) cGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAg > 1:373165/1‑150 (MQ=255) gTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 2:984726/150‑1 (MQ=255) gTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACAAAGGCCGCTGTGCGCCCGAGGTCACCCGGTTGGATGCCGGCACATGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 1:139715/150‑1 (MQ=18) gTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAACCACTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 1:850618/150‑1 (MQ=255) ccGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCaa < 2:490590/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGc < 1:659426/150‑1 (MQ=255) cTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTAGGGGGTTGGGGAGAGGCCGCTGGAGGCGCGGGTGCACCCGCGAGGAGGCCGGTACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCAAACTGCACCAGccc > 2:463222/1‑150 (MQ=25) tACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCg > 2:994834/1‑150 (MQ=255) tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCaa > 1:207945/1‑150 (MQ=255) aTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAAt < 2:566156/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg > 1:344316/1‑124 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAgg < 2:344316/124‑1 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCAc > 1:530438/1‑133 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCAc < 2:530438/133‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgcgc < 2:878899/84‑2 (MQ=21) gTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTGAACCcgcgc > 1:878899/1‑83 (MQ=255) ccGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAacac > 2:975357/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCa < 2:781889/150‑1 (MQ=255) tCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAgg > 1:524696/1‑150 (MQ=255) cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGt < 2:693329/150‑1 (MQ=255) cGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGaa < 2:1024542/150‑1 (MQ=255) aCGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGt > 1:827077/1‑78 (MQ=255) aCGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGt < 2:827077/78‑1 (MQ=255) ggTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAg < 2:207945/150‑1 (MQ=255) acacAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCaa < 2:373165/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGaa > 2:531085/1‑150 (MQ=255) gggTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGtggctg > 2:964947/1‑150 (MQ=255) ttGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGcc < 1:1080212/150‑1 (MQ=255) ggACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCtt > 2:86396/1‑150 (MQ=255) cacaGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGtggctgg < 1:294678/143‑1 (MQ=255) cacaGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGtggctgg > 2:294678/1‑143 (MQ=255) gCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAGCTGCACCAGCCCGATCAATACCGCTATGAACACCTGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTggg < 1:634659/150‑1 (MQ=255) tGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAg > 1:536337/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc < 1:497271/150‑1 (MQ=255) gcgGGTTCACCCGCGAAGAATAGGTCATATGTGTGCTGGTCAGGGGGAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTg < 1:516118/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTGcgcg > 1:893508/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTGCGCGGt < 1:964947/150‑1 (MQ=255) | TACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTGCGCGGT > NC_002947/2710880‑2711178 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |