Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,911,837 | G→A | 7.1% | A272T (GCC→ACC) | PP_2561 → | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,911,837 | 0 | G | A | 7.1% | 151.5 / 2.5 | 56 | A272T (GCC→ACC) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/25); new base A (2/2); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 |
CTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGCCTACGGCAACTTCCTGCG > NC_002947/2911689‑2911985 | cTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCAccgc > 1:316930/1‑150 (MQ=255) tcgACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCcgacg > 2:123013/1‑150 (MQ=255) ccAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACgg < 1:729755/150‑1 (MQ=255) cAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGc > 1:297921/1‑150 (MQ=255) aGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCACCGGCg > 2:673304/1‑150 (MQ=255) aGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGt < 2:1072697/150‑1 (MQ=255) acaTCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCcga > 2:342856/1‑123 (MQ=255) acaTCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCcga < 1:342856/123‑1 (MQ=255) caTCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATg < 2:1078574/150‑1 (MQ=255) caTCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATg < 1:606205/150‑1 (MQ=255) ccTNGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATATACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCa > 2:695936/1‑150 (MQ=255) tCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCAcc > 2:652009/1‑150 (MQ=255) tCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCAcc > 2:734428/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGc > 1:632006/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGc > 1:386122/1‑150 (MQ=255) ggTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCggt < 2:689264/150‑1 (MQ=255) ggTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCggt < 2:297921/150‑1 (MQ=255) gtgtTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCggtg < 2:310974/150‑1 (MQ=255) cgcgAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAaggcc < 2:386122/150‑1 (MQ=255) gcgAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAaggccc > 1:813272/1‑150 (MQ=255) aTACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAaggcccaggc < 2:1028289/150‑1 (MQ=255) acGNTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGGCAAGGCCCAGGCCcgc > 2:699360/1‑150 (MQ=255) gTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCg < 2:764122/106‑1 (MQ=255) gTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCg > 1:764122/1‑106 (MQ=255) aaCGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACctg > 1:112129/1‑150 (MQ=255) gcAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGt < 2:112129/150‑1 (MQ=255) gACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAAc < 1:695936/150‑1 (MQ=255) gACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAAc < 1:652009/150‑1 (MQ=255) ccGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTg > 1:949671/1‑150 (MQ=255) gggTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCACCCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGa < 1:40730/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGa < 1:876976/150‑1 (MQ=255) tACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGc > 2:755551/1‑150 (MQ=255) tACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGc < 2:813272/150‑1 (MQ=255) tACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGc < 1:734428/150‑1 (MQ=255) tGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAaggc > 2:76396/1‑100 (MQ=255) tGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAaggc < 1:76396/100‑1 (MQ=255) gATCGCCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAg > 1:219585/1‑150 (MQ=255) gATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAg < 2:316930/150‑1 (MQ=255) gATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAg > 2:835108/1‑150 (MQ=255) ccAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGc > 1:835506/1‑150 (MQ=255) aaCCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAAc > 2:606899/1‑120 (MQ=255) aaCCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAAc < 1:606899/120‑1 (MQ=255) aaCCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCg > 2:293657/1‑150 (MQ=255) aTCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATgg > 1:645405/1‑40 (MQ=255) aTCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATgg < 2:645405/40‑1 (MQ=255) aTCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTgg > 1:709388/1‑150 (MQ=255) aTCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCACCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTgg > 2:716613/1‑150 (MQ=255) aTCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCACCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTgg > 2:162240/1‑150 (MQ=255) gggCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGAATAGCGTGCCGCTGCTGGCCAc < 2:817425/150‑1 (MQ=255) gATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGcc > 1:626365/1‑150 (MQ=255) gATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGcc < 2:626365/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACct < 2:971673/87‑1 (MQ=255) tGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACct > 1:971673/1‑87 (MQ=255) tGGCAAGTTCGGCACCACCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGCCTa < 1:716613/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGTTCGGCACCACCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGCCTa < 1:162240/150‑1 (MQ=255) ggCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGCCTAc > 2:789089/1‑150 (MQ=255) aaGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACAGCTGTCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCCCCGCTGCCGACGGc > 1:239625/1‑150 (MQ=25) cgccgACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGCCTACGGCAACTTCCTgcg > 2:207985/1‑150 (MQ=255) | CTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGGGCGCCTGATCACCAACCGTGATCTGGGCGCCGATGGCAAGTTCGGCACCGCCGACGATGGCAACGGCGAAAGCGGTGGCATGGCCACCTGGGCGGTGGTCAAGGCCCAGGCCCGCGACCTGCTGGGTATCAACCTGACCGATGCCGACGTGCATAGCGTGCCGCTGCTGGCCACCGATGCCTACGGCAACTTCCTGCG > NC_002947/2911689‑2911985 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |