Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,948,641 | C→A | 8.8% | D162Y (GAC→TAC) ‡ | PP_2582 ← | heme oxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,948,641 | 0 | C | A | 8.8% | 168.8 / 6.0 | 57 | D162Y (GAC→TAC) ‡ | PP_2582 | heme oxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/28); new base A (2/3); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 |
GGTGCTGTGCAGCACCCGCTAAAGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCAGGTTCGAACCTT > NC_002947/2948494‑2948778 | ggTGCTGTGCAGCACCCGCTAACGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGACCGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCa < 2:852396/150‑1 (MQ=255) tgCAGCACCCGCTAAAGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGGACAGCCTggt < 1:503428/150‑2 (MQ=255) caCCCGCTAAAGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGcaacaa > 2:16726/1‑150 (MQ=255) aCCCGCTAAAGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACaaa > 1:1117662/1‑150 (MQ=255) ccGCTAAAGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAAtt < 1:787470/150‑1 (MQ=255) aaaGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCgcgc < 2:867695/150‑1 (MQ=255) ccATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCa < 2:934463/150‑1 (MQ=255) ccATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAAGTTCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCa > 1:396871/1‑150 (MQ=255) tCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTg > 2:995754/1‑119 (MQ=255) tCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTg < 1:995754/119‑1 (MQ=255) tCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAACGCTCGGc > 1:71330/1‑150 (MQ=255) tCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCGGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTTGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCGCGGCCATc < 2:264861/150‑1 (MQ=255) ctgcctgcAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCgcgc > 1:419051/1‑126 (MQ=255) ctgcctgcAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCgcgc < 2:419051/126‑1 (MQ=255) gcAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAggg < 1:505962/150‑1 (MQ=255) cTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTg > 2:192641/1‑150 (MQ=255) cTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTg > 1:786819/1‑150 (MQ=255) cTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTACCTATTCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACCAATCAGCGCAAAGACAGGGCGCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTg > 1:519102/1‑150 (MQ=255) tCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTgg > 1:378018/1‑150 (MQ=255) aGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCCGCCATCGCACCCGCGAACACCGCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCATCATTCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGcc < 1:805109/150‑1 (MQ=255) cccGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGt > 1:95693/1‑150 (MQ=255) ccGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTc > 1:1072470/1‑150 (MQ=255) cGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTNTCa < 2:697720/150‑1 (MQ=255) aTAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGccc > 2:446836/1‑140 (MQ=255) aTAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGccc < 1:446836/140‑1 (MQ=255) gTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAg > 2:288490/1‑150 (MQ=255) gAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGTCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGTAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGccc < 2:323140/150‑1 (MQ=255) gAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCgg > 1:783103/1‑108 (MQ=255) gAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCgg < 2:783103/108‑1 (MQ=255) aaCGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGt > 2:153729/1‑109 (MQ=255) aaCGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGt < 1:153729/109‑1 (MQ=255) aaCGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCACCCGCACCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGTGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCa > 2:1002793/1‑150 (MQ=255) gcGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCCATGCAGCGCGCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCaa < 2:53750/149‑1 (MQ=255) gCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCCTCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGa > 2:967525/1‑150 (MQ=255) cGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCtt < 2:1072470/150‑1 (MQ=255) gCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGTCGTTGCGTGTGCTTg < 2:786819/150‑1 (MQ=255) tACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTa < 1:288490/150‑1 (MQ=255) ccaccTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGa > 2:457697/1‑131 (MQ=255) ccaccTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTaga < 1:404588/150‑1 (MQ=255) ccaccTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATGCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGa < 1:457697/131‑1 (MQ=255) accTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAgaga > 1:755677/1‑150 (MQ=255) gCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAAcgcc < 2:659617/150‑1 (MQ=255) gCTTCCCCCCGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCCGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAAcgcc < 2:396871/150‑1 (MQ=255) cctGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGccccat < 2:519102/150‑3 (MQ=255) cctGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCa < 2:378018/150‑1 (MQ=255) tGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCAgg > 1:218764/1‑150 (MQ=255) ccccccAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCACCGCTCGCCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCAGGTTc < 1:16726/149‑1 (MQ=255) ccccAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCAtt > 2:1034048/1‑90 (MQ=255) ccccAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCAtt < 1:1034048/90‑1 (MQ=255) cccAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGAGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCAGGTTCGaa > 2:639829/1‑150 (MQ=255) ccAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAAcgcc < 2:124135/134‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAAcgcc > 1:124135/1‑134 (MQ=255) gCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCAGGTTCGAACCtt < 2:43627/150‑1 (MQ=255) gccAGGCTGGACAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCAtt > 2:59276/2‑83 (MQ=255) gccAGGCTGGACAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCAtt < 1:59276/82‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGACAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCAtt > 2:602300/1‑82 (MQ=255) ccAGGCTGGACAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCAtt < 1:602300/82‑1 (MQ=255) | GGTGCTGTGCAGCACCCGCTAAAGGTGCCATTGCGCTCGGTCAACTGCCTGCAAATACCTCACGCAGATGCACCCGATAACTGTCGAACGCTGCAATCGCCCCCGCTACCACCTCTGCTTCCTCCTGCTCCCCCAGCACCAGGCTGTCCAGCCTGGCAACAAATTCGCGCCAATGCAGCGCTCGGCCATCCGGGTGAGGGGCCAGGTGGCGGGCCCCATTGTCACCCTCCAGCCCAAGACGTTGCGTGTGCTTGTAGAGAAACGCCGCCCCCAGGTTCGAACCTT > NC_002947/2948494‑2948778 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |