Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,974,667 | A→G | 7.7% | E186G (GAG→GGG) | PP_2601 → | IclR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,974,667 | 0 | A | G | 7.7% | 137.3 / 2.7 | 52 | E186G (GAG→GGG) | PP_2601 | IclR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/17); new base G (2/2); total (33/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.14e-01 |
CCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCGCAGCG > NC_002947/2974520‑2974815 | ccTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGc > 2:250113/1‑150 (MQ=255) cTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCg > 2:490860/1‑150 (MQ=255) tcagCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTgg > 2:129349/4‑150 (MQ=255) cGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTCCACCGCGCCCGCGAGCGTgg > 1:837394/1‑150 (MQ=255) gggCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGt < 2:193822/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCACGCTCGCGGGCGCGGt > 2:921336/1‑150 (MQ=255) aCGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCACGCTCGCGGGCGCGGtgcag < 1:921336/150‑5 (MQ=255) gCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGcc > 1:249645/1‑150 (MQ=255) ccTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGCTGTTGCGCACAGACAATTCTTACTCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGGTCCACCAACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACTGCGCCCGCGAACGTGGCTATCCCt > 2:539236/1‑150 (MQ=255) tggcCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCg > 2:620318/1‑150 (MQ=255) ggcCAGCCTGGATGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGa > 2:19636/1‑150 (MQ=255) gcCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAg < 1:539236/150‑1 (MQ=255) gcCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAg < 1:626204/150‑1 (MQ=255) tGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCt > 1:141823/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCAc < 1:620318/150‑1 (MQ=255) cTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGAGTGGTTGTGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCa > 1:622923/1‑150 (MQ=255) cAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGcc > 1:160341/1‑150 (MQ=255) gATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCACGCTCGCGGGCGCGGtgc > 1:369387/1‑106 (MQ=255) gATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCACGCTCGCGGGCGCGGtgc < 2:369387/108‑3 (MQ=255) aTGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTg > 2:95459/1‑150 (MQ=255) ggTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTgcgc > 2:821315/1‑150 (MQ=255) gTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGcgcc < 2:160341/150‑1 (MQ=255) gTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACATGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGcgcc > 2:263818/1‑150 (MQ=255) ttGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCgccgcc > 2:265538/1‑150 (MQ=255) gaccccgaccAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCaa > 1:347378/1‑150 (MQ=255) gaccAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGcgccgc < 1:505958/138‑1 (MQ=255) gaccAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGcgccgc > 2:505958/1‑138 (MQ=255) gaccAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGAc > 1:419120/1‑150 (MQ=255) aGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCCCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAgg < 1:19636/150‑1 (MQ=255) gCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTg < 1:250113/150‑1 (MQ=255) ccGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAAACCCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGACCGCAACGAGACGCGGTGATTGGc > 1:347054/1‑150 (MQ=255) cgcCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGa < 2:790974/150‑1 (MQ=255) cgcCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGa < 1:129349/150‑1 (MQ=255) cgcCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGAGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGa < 1:490860/150‑1 (MQ=255) gcCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAg > 2:589310/1‑150 (MQ=255) cACCTACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCgg < 1:122475/150‑1 (MQ=255) aCCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGAtt < 2:440060/129‑1 (MQ=255) aCCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGAtt > 1:440060/1‑129 (MQ=255) acgaGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCa < 2:347378/150‑1 (MQ=255) gaGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAgc > 2:454560/1‑150 (MQ=255) tCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGc > 1:424776/1‑150 (MQ=255) gCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTg > 2:1036461/1‑150 (MQ=255) cTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGc > 1:837947/1‑115 (MQ=255) cTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGc < 2:837947/115‑1 (MQ=255) cTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGc > 2:209487/1‑150 (MQ=255) cTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGCTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGCGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGCGCCAAGCGCGCGGCTGGc > 2:346042/1‑150 (MQ=255) cTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGACACCTCCTCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGa < 1:981074/118‑1 (MQ=255) cTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGa > 2:981074/1‑118 (MQ=255) ccGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGCACAGAgccg > 1:224563/1‑150 (MQ=255) gcgcCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGCACAGAgccgcc > 1:539159/1‑150 (MQ=255) cgcgAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCCCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTTACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCGCa < 1:383789/150‑1 (MQ=255) gAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCGCAgcg > 1:135820/1‑150 (MQ=255) | CCTCCGGGCACGCCTGGCTGGCCAGCCTGGACGATGAGCAGGCGCTGCAGATGGTGTTGCGCCAAGGTATTGCCGACCCCGACCAGTTCGGCCCGAACGCGCCACGTTCCACCGACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGCGCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCGCAGCG > NC_002947/2974520‑2974815 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |