Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 274,791 | C→A | 11.9% | G386V (GGC→GTC) | PP_0222 ← | DszA family monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 274,791 | 0 | C | A | 11.9% | 114.1 / 5.2 | 42 | G386V (GGC→GTC) | PP_0222 | DszA family monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/19); new base A (3/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
GTCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGA > NC_002947/274643‑274933 | gtCGCCCAGGAACAGTTTGTGGCGCAGGGTGCCATTGGTGTAGGTAGTCCTGTAGTGGCGACGGAGCTGAAGTGGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCCAAGCTCTCCGGGATGACGGTGAGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGcg > 2:476816/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCgg < 1:654548/150‑1 (MQ=255) ggAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt < 2:665044/150‑1 (MQ=255) gAACCGGTTTTCGGGCAGGGTGCCTTCGGTGGAGGGAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATc < 2:1009768/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTc < 1:510237/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCACGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGc > 1:790806/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTACGGGGTGATGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCTGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGc < 1:476816/150‑1 (MQ=255) ggTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAc < 2:746455/150‑1 (MQ=255) gCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCCGGATTACCAGCTCGCTGACGTCTTCTAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCa < 2:820208/150‑1 (MQ=255) gTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGgc < 2:405419/150‑1 (MQ=255) tCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGgcg > 1:872239/1‑150 (MQ=255) ttGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAAc < 1:454238/126‑1 (MQ=255) ttGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAAc > 2:454238/1‑126 (MQ=255) gCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGAGGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGAc > 2:254456/1‑150 (MQ=255) ggCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCCTCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCa < 2:157152/150‑1 (MQ=255) gctgctGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCCCCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGGTa > 1:788627/1‑150 (MQ=255) ctgAAGTTGCGGGAGGACCAGCTCGATGACGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTa < 2:445545/150‑1 (MQ=255) aaGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGTAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCg < 2:606535/150‑1 (MQ=255) aTGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAg < 2:488801/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGATGAAGTCCGCGAAGAGCTCCGGGGTGACGGGGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGAGCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCg < 2:130725/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAAc < 1:832698/92‑1 (MQ=255) ccAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAAc > 2:832698/1‑92 (MQ=255) cAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTg > 1:787303/1‑150 (MQ=255) gATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTg > 2:859314/1‑150 (MQ=255) gTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTTCTGTTGCAACAg > 1:1076354/1‑150 (MQ=255) gTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAg < 2:231334/150‑1 (MQ=255) cTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgcg > 1:441838/1‑150 (MQ=255) tCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgcgc > 1:948111/1‑150 (MQ=255) ctctCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcggcgg < 1:859314/150‑1 (MQ=255) cGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCa > 2:874658/1‑150 (MQ=255) gCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTg < 1:558021/150‑1 (MQ=255) aGGTTGCAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTgg < 2:28297/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGTTGTCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgc > 1:28821/1‑150 (MQ=255) gTTGAACCCGTCCAGGCCGGATTCCTCGAACCACGAGAGCAACTGCTCGGCCACCTGTCCAGGCGCGCCGGCCCGTGTTGCGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCGGTTGCAACAGGCCCCGGGGGGTCCAGGCGGTGTGTTGCAACTcgcg > 2:898706/1‑150 (MQ=255) gTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgcg > 2:331239/1‑150 (MQ=255) ttGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgcgc > 1:1079374/1‑150 (MQ=255) ttGAAACCGTACAGGCCAGTTTCATCAATCCACGCGTTCAACTGCTCGGCCACATGTTCAGACTCGCCGACCAGGGTGACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCCACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTGGTCTTGCAACTGgcgc > 2:470872/1‑150 (MQ=255) tGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGc < 2:661414/130‑1 (MQ=255) tGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGc > 1:661414/1‑130 (MQ=255) tGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGcgcg > 2:748556/1‑150 (MQ=255) gAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCtt < 2:176211/137‑1 (MQ=255) gAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCtt > 1:176211/1‑137 (MQ=255) gTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGa > 2:318199/1‑150 (MQ=255) | GTCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGTGCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCACCTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGGCTGA > NC_002947/274643‑274933 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |