Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,010,358 | G→A | 8.3% | intergenic (‑1221/‑447) | PP_2628 ← / → PP_2631 | ABC transporter ATP‑binding protein/cellulose biosynthesis protein BcsF/YhjT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,010,358 | 0 | G | A | 8.3% | 130.5 / 3.1 | 48 | intergenic (‑1221/‑447) | PP_2628/PP_2631 | ABC transporter ATP‑binding protein/cellulose biosynthesis protein BcsF/YhjT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/19); new base A (2/2); total (27/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 |
GTTGCTGCTGGCTTGTGGTGCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGACCCCGCTGCAGGCTTGCTCGCGTAC > NC_002947/3010211‑3010507 | gTTGCTGCTGGCTTGTGGTGCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCAAGATTCCTAAGCTTTGTAGAGAGAATGCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCt < 1:356688/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCTGGCTTGTGGTGCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTg < 2:978021/150‑1 (MQ=255) tgGCTTGTGGTGCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCt > 1:263733/1‑150 (MQ=255) ttGTGGTGCCCGCTAGCTCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCGTCTGCgg < 2:758454/150‑1 (MQ=255) ttGTGGTGCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCgg > 1:389010/1‑150 (MQ=255) gtggtgCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGt < 2:263733/150‑1 (MQ=255) ggtgCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTg < 2:1070775/150‑1 (MQ=255) cagATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCCTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCa < 1:646009/150‑1 (MQ=255) tCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACggg > 1:626435/1‑150 (MQ=255) gTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCAGGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCg > 2:213087/1‑150 (MQ=255) gCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGtt > 1:71846/1‑150 (MQ=255) cGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAg > 1:201312/1‑135 (MQ=255) cGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAg < 2:201312/135‑1 (MQ=255) gTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGc < 1:242603/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGt > 2:282181/1‑150 (MQ=255) gattGTGATGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGc > 2:592387/3‑150 (MQ=255) gTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAAGCGTCTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAg < 2:33736/150‑1 (MQ=255) cGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGAt < 1:288802/135‑1 (MQ=255) cGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGAt > 2:288802/1‑135 (MQ=255) gCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCAtgt < 2:1104533/150‑1 (MQ=255) tGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCGTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACg > 1:898044/1‑150 (MQ=255) cATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACggggg > 1:370737/1‑149 (MQ=255) tGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTgc < 2:71846/150‑1 (MQ=255) gCATCCAGGGTTACCGCTGGCGTCGACCCCTGCCAACCGACTTCGCCGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCg < 2:106031/150‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCaaa < 2:908989/120‑1 (MQ=255) tCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCaaa > 1:908989/1‑120 (MQ=255) aGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCg > 1:881924/1‑150 (MQ=255) aCGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTccacc > 2:825835/1‑150 (MQ=255) gTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAg > 2:1126055/1‑150 (MQ=255) gCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGtt > 1:1093322/1‑69 (MQ=255) gCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGtt < 2:1093322/69‑1 (MQ=255) cGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTg < 1:825835/150‑1 (MQ=255) cGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTgc > 2:611559/1‑118 (MQ=255) cGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTgc < 1:611559/118‑1 (MQ=255) acacCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGtt > 2:37572/1‑150 (MQ=255) acatGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGc > 1:938816/4‑150 (MQ=255) ccGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGgcgc > 1:371768/1‑150 (MQ=255) cGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCgcc > 2:917182/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGAcc > 1:909309/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGAcc > 1:744387/1‑150 (MQ=255) ccTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGAccc < 2:371768/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGACCCCg > 1:651708/1‑150 (MQ=255) ccTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGACCCCGCTGCAGGCTTg < 1:592387/150‑1 (MQ=255) cTGCGGCCACTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTcca > 1:751265/1‑98 (MQ=255) cTGCGGCCACTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTcca > 1:751105/1‑98 (MQ=255) cTGCGGCCACTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTcca < 2:751105/98‑1 (MQ=255) cTGCGGCCACTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTcca < 2:751265/98‑1 (MQ=255) cGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGACCCCGCTGCAGGCTTGCTCGCGTa > 1:699020/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGACCCCGCTGCAGGCTTGCTCGCGTAc > 2:877096/1‑150 (MQ=255) | GTTGCTGCTGGCTTGTGGTGCCAGCCAGATCGTGCCGTTCGGTGCCAGCTTGTCACGCTTCCTGACCATGGTAGAGAGCATCCAGGGTTACGTCTGGCGTCGACACCTGCCAACCGACTTCGACGCCTTGCTGGCACGCCTGCGGCCGCTGGCCATCTGCGGGTTGGTAGCGCCACGGGCGTTCGCCGATGCCGTGCAAAGCATGTGGCACGGGGTGCGCAACGGCGAAATCGTCCACCAGTTGCTGGTGTTGCGTCCGGCGCCTGGCCTGACCCCGCTGCAGGCTTGCTCGCGTAC > NC_002947/3010211‑3010507 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |