Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 308,450 | C→A | 7.1% | intergenic (+1464/‑406) | hslO → / → PP_0254 | molecular chaperone HslO/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 308,450 | 0 | C | A | 7.1% | 173.1 / 2.6 | 56 | intergenic (+1464/‑406) | hslO/PP_0254 | molecular chaperone HslO/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/28); new base A (2/2); total (26/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
TCGGCGCACCGTTCTTCCCGCGTCCGGCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCCGCGCACCAACTGGGCTGA > NC_002947/308307‑308598 | tCGGCGCACCGTTCTTCCCGCGTCCGGCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCccacca < 2:748554/150‑1 (MQ=255) ttcCCGCGTCCGGCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATc > 1:1049924/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATcc > 2:964286/1‑150 (MQ=255) ggCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCa < 2:940682/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCag > 2:990277/1‑150 (MQ=255) tGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAGGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGACTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGACGTGATCGCTGCAATCCagag > 2:562588/1‑150 (MQ=255) ggCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAgc > 2:62164/1‑150 (MQ=255) aCGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCAc < 2:252895/150‑1 (MQ=255) gctgATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCCACCTCTCCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGc < 1:631551/150‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAAcc > 2:594649/1‑150 (MQ=255) cGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAg < 2:330812/150‑1 (MQ=255) tATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCa > 2:329601/1‑150 (MQ=255) aaCGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTg > 1:868564/1‑150 (MQ=255) aCGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGa > 2:757022/1‑142 (MQ=255) aCGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGa < 1:757022/142‑1 (MQ=255) aCGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGa < 1:756963/142‑1 (MQ=255) aCGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGa > 2:756963/1‑142 (MQ=255) ggCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAAc < 1:650995/137‑1 (MQ=255) ggCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAAc > 2:650995/1‑137 (MQ=255) ttCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGAcatc > 1:39960/1‑150 (MQ=255) tCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGAcatca < 1:1002582/150‑1 (MQ=255) tCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGAGCTCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGAAcatca < 2:460408/150‑1 (MQ=255) cAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCAATGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGAcatcat < 2:1049924/150‑1 (MQ=255) cTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCCACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCTAAACCGAGCACCTGGACATCATCaa > 2:181244/1‑150 (MQ=255) tCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTTGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAATCCGAGCACCTGGACATCATCAAc < 2:13268/150‑1 (MQ=255) tCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACccgtgcc > 2:51201/1‑84 (MQ=255) tCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACccgtgcc < 1:51201/84‑1 (MQ=255) cAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCt < 2:39960/150‑1 (MQ=255) aaGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTg > 2:497227/1‑150 (MQ=255) aGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTgg < 1:181244/150‑1 (MQ=255) gTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGAc < 1:1043359/150‑1 (MQ=255) gTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGAc > 2:1043735/1‑150 (MQ=255) cTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGt < 1:413336/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGc < 2:689657/150‑1 (MQ=255) aCCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGc < 1:594649/150‑1 (MQ=255) ggTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGaa < 1:362042/150‑1 (MQ=255) acacCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCACCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGaaa > 2:310884/1‑108 (MQ=255) acacCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCACCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGaaa < 1:310684/108‑1 (MQ=255) acacCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCACCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGaaa < 1:310884/108‑1 (MQ=255) acacCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCACCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGaaa > 2:310684/1‑108 (MQ=255) cGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTcc > 2:865417/1‑150 (MQ=255) ggCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCg < 2:235449/150‑1 (MQ=255) cggACCGGTTGTTTCTACGGCGGTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGc < 2:905041/149‑1 (MQ=255) gACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGt < 1:329601/150‑1 (MQ=255) gtggtgGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGaaa > 2:760196/1‑150 (MQ=255) tggtggCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCCCCCGTGCCGTGATCGCTGTAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAAc < 1:562588/150‑1 (MQ=255) gCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGc < 2:522677/137‑1 (MQ=255) gCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGc > 1:522677/1‑137 (MQ=255) tACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGc > 2:229555/1‑135 (MQ=255) tACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGc < 1:229555/135‑1 (MQ=255) cGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGTGCACCTGGACATAATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCt < 2:616121/150‑1 (MQ=255) gTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAAc < 1:1043735/150‑1 (MQ=255) cAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCTAGCATCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCcgcg > 2:317478/1‑150 (MQ=255) gcgcTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCCGCGCAc > 1:549567/1‑150 (MQ=255) gCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCCGCGCACCAACTggg > 1:580618/1‑150 (MQ=255) cATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCCGCGCACCAACTGGGc > 1:362715/1‑150 (MQ=255) ccccACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCCGCGCACCAACTGGGCTGa > 2:94974/1‑150 (MQ=255) | TCGGCGCACCGTTCTTCCCGCGTCCGGCTGGCGAGTACGCCGAGCTGCTGATCAAGCGTATCAACGGCTTCAACTCCAAGGTCTACCTGGTCAACACCGGCTGGACCGGTGGTGGCTACGGCGTTGGCAAGCGCTTCAGCATCCCCACCACCCGTGCCGTGATCGCTGCAATCCAGAGCGGCGCACTGGTCGGTGCCGAAACCGAGCACCTGGACATCATCAACCTGGACGTGCCGAAGGCCGTTCCGGGCGTTGAAACCGAACTGCTCAACCCGCGCACCAACTGGGCTGA > NC_002947/308307‑308598 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |