| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,287,319 | T→C | 15.2% | intergenic (+17/+24) | PP_2889 → / ← xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,287,319 | 0 | T | C | 15.2% | 67.8 / 6.3 | 33 | intergenic (+17/+24) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/14); new base C (2/3); total (16/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-02 | |||||||||||
AGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAT > NC_002947/3287178‑3287465 | acggggTCGGGGGCGAGCTGGCGGCGCGTTTCTGGTGGCAGGGGGCTTATAACTTGGCTTGGGTGGGTGCGGGGGAGGAGGGGGGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGCACACCTTg < 2:416871/147‑1 (MQ=255) gggTGGAGGGCCAGGTGGAGGCGGGGGACGGGGCGCGTGGTGCTTACACCTGGGCCTGGGGCGGGGCGGGGGACGGTGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGCACACCTTGGGc < 1:205486/150‑1 (MQ=255) ggTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTACGGGTGGGCCGAGGGTGTGTATCTGGGGcc > 2:906812/1‑150 (MQ=255) gcgtgggCCGGCTGGGGGCGGGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAGCTGTGCCTGGGTGGGGGCGGGGGGCGGTGGGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGCGGGCCCAAGGTGCACACCTTGGGccca 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gggggcggcgcGGGGGAGGGTGGGGGGGGGGCGGGGGGGGGGGCGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCtttt < 2:189195/143‑1 (MQ=255) tCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGATTTTCCAt > 2:609076/1‑150 (MQ=255) gggggggggcggATGAGGTGGGTGGGGGGGGGGTGGGGGAGGCGTTGGGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCAt < 2:1067184/143‑1 (MQ=255) gcgcGGGGGGCGGTGTGGGTGGGGGGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATccc < 2:753315/150‑1 (MQ=255) gATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCCTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCACGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCAt > 2:447014/1‑150 (MQ=255) 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ttGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCa > 2:1096382/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgc < 2:540690/150‑1 (MQ=255) ggggTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgctgc < 1:536547/150‑1 (MQ=255) tAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTc > 1:144214/1‑88 (MQ=255) tAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTc < 2:144214/88‑1 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 2:73056/1‑150 (MQ=255) gCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCa > 2:3903/1‑150 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg > 1:265136/1‑150 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg > 2:1067364/1‑150 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg < 1:337167/150‑1 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg > 1:811033/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGt < 1:447014/150‑1 (MQ=255) ggTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGa < 2:490818/150‑1 (MQ=255) gtgtGCCCCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCCACCCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAt < 1:609076/150‑1 (MQ=255) | AGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAT > NC_002947/3287178‑3287465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |