Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,292,503 | G→A | 7.7% | A582T (GCC→ACC) | PP_2893 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,292,503 | 0 | G | A | 7.7% | 143.0 / 3.0 | 52 | A582T (GCC→ACC) | PP_2893 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/22); new base A (2/2); total (28/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
CCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGACCCTGGCGCTGGACGGCCCGCAGCTC > NC_002947/3292355‑3292652 | ccTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGc > 2:1050360/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGccc < 1:400216/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGccc > 2:400216/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGccc > 2:558600/1‑150 (MQ=255) aGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTgg > 1:255041/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACa > 2:1010197/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACa > 1:420833/1‑150 (MQ=255) gAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCa > 2:751150/1‑150 (MQ=255) gAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCCTCACAACGCCCa > 1:1018261/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAg > 1:1000338/1‑150 (MQ=255) tCAAGGGCCGGCTGGAGGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGc < 1:175772/150‑1 (MQ=255) cAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCt > 1:217278/1‑150 (MQ=255) gggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCaa > 2:880568/1‑150 (MQ=255) ggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAg < 1:464122/150‑1 (MQ=255) aTGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTa < 2:255041/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTAt < 2:957447/150‑1 (MQ=255) ccGGCACCTTGCAGGCCACGCAAGGTACGCTCACCCTACAGGACCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTTGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCAcc > 2:972029/1‑150 (MQ=255) gCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTgg < 1:558600/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGaca > 2:673228/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTg < 2:1121761/150‑1 (MQ=255) cGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTgg > 2:464689/1‑150 (MQ=255) gCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGAAGAACGCCGCCTGCAGCAGTTAGACCTTGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCa < 2:820269/150‑1 (MQ=255) cTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAg < 1:514692/150‑1 (MQ=255) cTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAg > 2:380023/1‑150 (MQ=255) tCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAAAGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTgg < 2:461430/123‑1 (MQ=255) tCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAAAGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTgg > 1:461430/1‑123 (MQ=255) cACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGCCCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGCGTCCGATCTAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGc < 1:1050360/150‑1 (MQ=255) ccTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGt < 2:727462/140‑1 (MQ=255) ccTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGt > 1:727462/1‑140 (MQ=255) ccTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCaa > 1:691427/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAAc < 1:576440/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGCGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAg < 2:190600/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAg < 2:1031320/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAg < 2:773976/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAggg > 2:132197/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGt > 1:351546/1‑93 (MQ=255) ttGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGt < 2:351546/93‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCa < 1:464689/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATACCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCaa < 2:329659/129‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATACCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCaa < 2:329612/129‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATACCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCaa > 1:329659/1‑129 (MQ=255) ccAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATACCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCaa > 1:329612/1‑129 (MQ=255) gCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGTGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAg > 1:624848/1‑150 (MQ=255) gCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCACAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACCTTCGCCAACAg > 1:388060/1‑150 (MQ=255) gAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGcc > 1:1059614/1‑150 (MQ=255) aCCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCTCCTGGACAACGCCCCACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGATCTGCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGa < 1:569349/150‑1 (MQ=255) cGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGAcc > 1:362914/1‑150 (MQ=255) cTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGACCCTg < 1:880568/150‑1 (MQ=255) agTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGACCCTGGCGCTgg < 2:201962/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGc < 2:823783/84‑1 (MQ=255) cTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGc > 1:823783/1‑84 (MQ=255) cTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAATCGCGTTAAGGGAAATTACGTTTGAGCTTGGTGGCACTGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGACCCTGGCGCTGGACGGCCCg > 1:570641/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCTAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGACCCTGGCGCTGGACGGCCCGCAGCTc < 1:673228/150‑1 (MQ=255) | CCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCAAGGGCGACATTCGCCAACAGGCCTTGACCCTGGCGCTGGACGGCCCGCAGCTC > NC_002947/3292355‑3292652 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |