Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,330,770 | T→C | 9.5% | K49E (AAG→GAG) | PP_2928 ← | saccharopine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,330,770 | 0 | T | C | 9.5% | 109.3 / 3.3 | 42 | K49E (AAG→GAG) | PP_2928 | saccharopine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/17); new base C (2/2); total (23/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
ACCGACATGTTGAGGAAGGCGGAACCCACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGACACCTCCTGCACCAATGATAAGAACGTT > NC_002947/3330625‑3330905 | aCCGACATGTTGAGGAAGACGGAACACACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACg > 1:533548/1‑150 (MQ=255) gAGGAAGGCGGAACCCACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCgatgat > 2:521684/1‑150 (MQ=255) aaGGCGGACCCCTCATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGTGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTAACTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCAGTCGATGATGGcc < 1:1072291/150‑1 (MQ=255) aaGGCGGAACCCACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGcc > 1:629870/1‑150 (MQ=255) aGGCGGAACCCACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCt < 1:806655/150‑1 (MQ=255) ccACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGATACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTgg > 2:603709/1‑150 (MQ=255) acaTTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGgag > 1:989387/1‑150 (MQ=255) aTCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGAc < 1:521684/150‑1 (MQ=255) tCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTTCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGAcg > 1:820629/1‑150 (MQ=255) cTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGAcgc < 2:629870/150‑1 (MQ=255) tGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCTTTTAGCGAGAAGGCCTGGATGGC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGAcgcg > 1:577568/1‑150 (MQ=255) tCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGa < 2:687188/150‑1 (MQ=255) cgGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGAccc < 1:875608/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTtcgt > 2:242283/1‑150 (MQ=255) cTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTgcgc > 2:717763/1‑150 (MQ=255) cTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGG‑TCTCAGGTGGTTACCTTGAGGCTACGCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTgcgc < 2:820629/150‑1 (MQ=255) tCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCa < 1:1049929/130‑1 (MQ=255) tCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCa > 2:1049929/1‑130 (MQ=255) aCATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCCTTTGGAGGTGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCAc > 1:12191/1‑150 (MQ=255) aGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTCGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTg > 1:1131056/1‑87 (MQ=255) aGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTCGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTg > 1:1131051/1‑87 (MQ=255) aGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTCGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTg < 2:1131051/87‑1 (MQ=255) aGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTCGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTg < 2:1131056/87‑1 (MQ=255) gggCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTggg > 1:1120766/1‑150 (MQ=255) cATTGAGCGCGACGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGTGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGcca < 2:374914/150‑1 (MQ=255) cATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGcca > 1:144391/1‑150 (MQ=255) cATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGcca < 1:373527/150‑1 (MQ=255) aTTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTAt > 2:369878/1‑128 (MQ=255) aTTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTAt < 1:369878/128‑1 (MQ=255) aTTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGccac > 2:4501/1‑150 (MQ=255) gagaAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTg < 1:4501/150‑1 (MQ=255) gaAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCATTAAAGCGGCTGAGGATGTCCTGGCCTCTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGc < 2:533548/150‑1 (MQ=255) gCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGgag > 2:875429/1‑72 (MQ=255) gCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGgag < 1:875429/72‑1 (MQ=255) gCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTAGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGacc > 2:365164/1‑149 (MQ=255) ccTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGacac > 2:872858/1‑150 (MQ=255) tGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATTGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGACACCTCCTg > 2:606083/1‑150 (MQ=255) tACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGACACCTCCTGCACCAATGAt < 2:601131/150‑1 (MQ=255) aGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGACACCTCCTGCACCAATGATAAGAACg < 1:242283/150‑1 (MQ=255) gCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGACACCTCCTGCACCAATGATAAGAACGtt > 2:891151/1‑150 (MQ=255) cccTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGcc > 2:7811/1‑105 (MQ=255) cccTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGcc < 1:7811/105‑1 (MQ=255) | ACCGACATGTTGAGGAAGGCGGAACCCACATTGATCACGATCTGCGATTCGGTTTCGCGGATCAGCGCCTTGGTTGCCTCGACATCGAGGGCATTGAGCGAGAAGGCCTGGATGTC‑GGCGGGTACCTTGAGGCTACCCTTGGCCTTGACGCTGTCGATGATGGCCTGGCATTTGGAGATGTTCCGTGACGCGATGGCGATACGACCCAGTTCGTCGTTATGCTGCGCGCACTTGTGGGCCACCACCTTGGCGACACCTCCTGCACCAATGATAAGAACGTT > NC_002947/3330625‑3330905 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |