Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,430,392 | G→C | 8.9% | S189S (TCG→TCC) | PP_3045 → | ATP‑dependent protease ClpP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,430,392 | 0 | G | C | 8.9% | 171.7 / 7.3 | 56 | S189S (TCG→TCC) | PP_3045 | ATP‑dependent protease ClpP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/26); new base C (3/2); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
GCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGA > NC_002947/3430244‑3430537 | gCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGGAAGTGAACGCACGGCCTCgt > 2:341904/1‑149 (MQ=255) cGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGa > 2:723917/1‑150 (MQ=255) aTGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGACCATCGATGAACCGAAGCTGAAACAACTGCTCGCTCACAAATTTAGGCTCATGGCCTTGGAGGCCg > 2:289957/1‑150 (MQ=255) gAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGC‑CACGGCCTCCGAGGCCGTgagcc < 1:234823/150‑5 (MQ=255) cTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTgggg > 2:756136/1‑150 (MQ=255) tcgtcgGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCt > 2:991904/1‑150 (MQ=255) gtcgGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTgg > 2:1089994/1‑150 (MQ=255) gggTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCg > 1:95441/1‑150 (MQ=255) gCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAg < 2:95441/150‑1 (MQ=255) cTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAAt < 1:717568/150‑1 (MQ=255) gATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGTCTCCGAAAATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGgt > 2:271333/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCaa > 2:22665/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCGAGGCAATGATAGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGAGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTAACGGGCTGGGAGGGCGTGGCGCTGGGGCTGGGCGATGAGGG‑CGGTGATGgtgttga > 2:358752/1‑147 (MQ=255) ttCNAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGtt > 2:701326/1‑150 (MQ=255) aGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAgg < 1:882039/150‑1 (MQ=255) gcagtGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAgg < 1:1042639/144‑1 (MQ=255) gCAGTGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAgg > 2:1042639/1‑148 (MQ=255) tGATCGCATCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGcc < 2:732323/150‑1 (MQ=255) tGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTggc > 1:224594/1‑148 (MQ=255) gATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGACCACCGGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCt < 1:289957/150‑1 (MQ=255) agcGCAGCCTATAAGTCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCtt < 2:904117/148‑1 (MQ=255) tCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTg < 1:756136/150‑1 (MQ=255) cGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTgg < 1:1075201/150‑1 (MQ=255) aGCCTATAGGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCGGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCa > 2:381208/1‑150 (MQ=255) ataAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGgcg > 1:557142/1‑150 (MQ=255) ataAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCGGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGgcg > 2:604254/1‑150 (MQ=255) acaaGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGACTGGTCAAAGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCGGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGCAATCGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCCAGgcg > 2:174373/3‑150 (MQ=255) aaGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGcgcg < 2:557142/150‑1 (MQ=255) aGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCgcgg < 1:468581/150‑1 (MQ=255) aGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGCGCCTTGCCCAAGGcacgc < 2:190491/150‑2 (MQ=255) ggCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCgcggc < 1:563812/150‑1 (MQ=255) cTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCTGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGgcgc < 1:510376/150‑1 (MQ=255) cTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGgcgc < 1:1089994/150‑1 (MQ=255) cTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGgcgc < 1:604254/150‑1 (MQ=255) cGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCaa < 1:65001/150‑1 (MQ=255) tGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATAc < 2:224594/150‑1 (MQ=255) tGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATAc < 2:1108362/150‑1 (MQ=255) gcgGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCg > 1:379276/1‑150 (MQ=255) gcgGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCg < 1:991904/150‑1 (MQ=255) cTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGcc < 1:271333/150‑1 (MQ=255) gagaCGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGTCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCt > 1:949105/1‑150 (MQ=255) gagaCGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCtt < 1:211533/103‑1 (MQ=255) gagaCGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCtt > 2:211533/1‑103 (MQ=255) gTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTgg > 1:946300/1‑150 (MQ=255) cTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGAt < 1:341904/150‑1 (MQ=255) aaaGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCAGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCa < 1:22665/150‑1 (MQ=255) ggCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAggg > 2:282169/1‑150 (MQ=255) gccACGGCCTCCGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGCAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAg > 1:542910/3‑146 (MQ=255) gccACGGCCTCCGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGCAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAg < 2:542910/144‑1 (MQ=255) cTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGTCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGAt < 2:949105/150‑1 (MQ=255) tCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTAtt < 2:39152/124‑1 (MQ=255) tCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTAtt > 1:39152/1‑124 (MQ=255) tCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATg > 2:474975/1‑150 (MQ=255) ccACGGCCTCCGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATg > 2:448422/2‑150 (MQ=255) aCGGGCTCCGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGTGGGGAAAAGCTGT‑AGGGTTCAGGCGTGCCTTGGGGAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGAGTAGCGCAAGGCCAGTAGGGATggg > 2:156740/1‑150 (MQ=255) ccTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGa > 2:1118107/1‑150 (MQ=255) ccTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGa > 2:937905/1‑150 (MQ=255) | GCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGACGCGGAGCTGAGACGTCTGGTCAATGCCGAAAGTTGGCTCACGGCCTCGGAGGCCGTGGCGCTGGGGCTGGCCGATGAGGT‑CGGTAATGGTGTCAAGGTTCAGGCGTGCCTTGGGCAAGGCGCGGCGATGGCGCGTTACCGCAATACCCCGCAAGCCCTATTGGATCAGCTCAAGGCCAGTAGGGATGGGGTGA > NC_002947/3430244‑3430537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |